“O físico Victor Ninov e sua equipe publicaram, em 1999, a descoberta do elemento químico 118 -o mais pesado que poderia existir-. No ano seguinte, a equipe não conseguiu reproduzir a experiência. Investigações provaram que Ninov havia forjado os resultados.”
Caso as práticas de Reproducible Research já estivessem em pleno uso, a equipe canal onde tal "farsa" foi públicada haveria tentado reproduzir a experiência, e ao falhar na tentativa haveria investigação a respeito e como provado que os resultados foram forjados seria comprovado que a pesquisa era falsa, sendo assim impedida de ser públicada.
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2- Os únicos tópicos que fui capaz de associar foram: *Ferramentas + conhecimento - artigos utilizados como referências para determinada construção do conhecimento;
*Disseminação/Discussão - contatos que leitores possam fazer, a fim de discutir sobre assuntos específicos;
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3- Link do site: https://sites.google.com/site/mptcprojeto/
1- Hwang Woo Suk tornou-se mundialmente famoso quando alegou, na revista científica Science, que havia criado células-tronco a partir de um embrião humano clonado. Em um artigo publicado em junho pela revista científica Science, Hwang alegava ter produzido 11 linhas de células-tronco de embriões humanos clonados, em uma nova técnica para "produzir" tecidos que se adaptariam perfeitamente ao DNA de um doador. O painel de investigadores descobriu, no entanto, que a equipe de Hwang produziu apenas duas linhas de células-tronco, e caiu em desgraça em janeiro, quando descobriu-se que ele havia falsificado trabalhos científicos. Cinco outros cientistas também foram indiciados nesta sexta-feira por envolvimento na fraude de Hwang e no desaparecimento de milhões de dólares em doações para a pesquisa. Promotores sul-coreanos disseram que Hwang foi enganado por um de seus assistentes, que alegou ter clonado células embriônicas, mas contribuiu para a fraude ao inventar dados posteriormente. O pesquisador recebeu o equivalente a US$ 42,2 milhões do governo para sua pesquisa, e US$ 4,35 milhões de fundações privadas, de acordo com auditores do Estado. Desses recursos, eles não conseguiram localizar US$ 2,6 milhões. Os promotores alegam que Hwang comprou um carro e pagou contribuições a políticos e funcionários de empresas que ajudaram na concessão dos recursos.
Para evitar a farsa, inicialmente deveria ter conferido os resultados de seus assistentes. Não deveria ter contribuído com a manipulação de dados, pois os contribuintes esperavam resultados. Não deveria ter publicado seu artigo. E como havia publicado, deveria pedir que o artigo fosse desconsiderado.
2- Formulação de perguntas: Os RR respondem como foram obtidos os dados, e quais são seus resultados. Observações controladas: Os RR relatam dados produzidos, e exibe, de forma a ser do conhecimento de todos os resultados obtidos. Hipóteses: Descreve em quais circunstancias foram obtidos tais dados Verificação: Serve para que outras pessoas possam utilizar ou entender resultados Publicação: Dispõe dados utilizados na pesquisa Discussão: Logo que é de conhecimento de todos, e caso haja duvidas sobre métodos e dados obtidos
1.No artigo “Cooperative melting in caged dimers of rigid small molecule DNA-hybrids”,foi afirmado:
“Rigid small-molecule DNA hybrids (rSMDHs) have been synthesized with three DNA strands attached to a rigid tris(phenylacetylene) core. When combined under dilute conditions, complementary rSMDHs form cage dimers that melt at >10 degrees C higher and much sharper than either unmodified DNA duplexes or rSMDH aggregates formed at higher concentrations. With a 2.97 average number of cooperative duplexes, these caged dimers constitute the first example of cooperative melting in well-defined DNA-small-molecule structures, demonstrating the important roles that local geometry and ion concentration play in the hybridization/dehybridization of DNA-based materials.”
Porem , um grupo de pesquisadores com estudos posteriores gerando a desconfiança na validade de suas conclusões iniciais, então o investigador do caso suspendeu o artigo, abrindo as investigações, foi descoberto que os dados eram invalidos.
2.A falta da pratica do RR acarretou a publicação do artigo e logo no retiramento dele, a falta de divulgação do artigo nas mídias, o acumulo de dados duvidosos para a repetição da experiência, referencias , e outros fatores do RR, levou a curiosidade e logo a novos testes, foi quando foi comprovado a incoerência de dados, pois o fato não era reprodutível , e logo o artigo foi retirado. Tudo poderia ter sido evitado se as praticas de RR, tivessem sido tomadas, evitaria a publicação.
3.Meu site :https://sites.google.com/site/thiagosouzaam/home
1 O “The Journal of Mathematical Physics” retratou um Artigo chamado: “Homotopy perturbation method to obtain exact special solutions with solitary patterns for Boussinesq-like B(m,n) equations with fully nonlinear dispersion:” Traduzindo: "método de perturbação Homotopia obter soluções especiais exatas com padrões solitário por Boussinesq-como B ( m , n equações) com dispersão totalmente não-linear: " O artigo foi retratado, pois possuía passagens extensas incluindo os resultados que Ahmet Yildirim o autor alegou serem novos, porém eram idênticos a um material publicado anteriormente por Yonggui Zhu.O autor não concordou com essa retração, uma grande curiosidade sobre Ahmet Yildirim é que ele obteve seu doutorado em 2009 e tem publicado impressionantes 279 artigos.
Se os métodos de RR estivessem sidos usados para avaliação do artigo, este plágio haveria sido descoberto facilmente, pois haveria uma avaliação profunda de como foi feita a pesquisa, suas referencias e observações e possivelmente haveria uma comparação sistemática com os artigos existentes sobre o tema fazendo com que o grupo de avaliadores chegasse a descobrir que os dados ali descritos como obtidos com os testes do autor vinham de outro artigo, chegando à conclusão de plágio antes de sua publicação.
2 Observação da Natureza Documentar e disponibilizar no site de sua pesquisa como foi feita a observação do seu determinado fenômeno de estudo.
Fatos Documentar e disponibilizar no site de sua pesquisa como foram colhidos seus dados.
Ferramentas mais conhecimento Documentar e disponibilizar no site de sua pesquisa como e quais ferramentas foram usadas para tratar aquele fenômeno bem como suas versões e fontes.
Observação controlada Documentar e disponibilizar no site de sua pesquisa como seu objeto de estudo se comportou ao utilizar determinadas ferramentas.
Formulação de Hipóteses Documentar e disponibilizar no site de sua pesquisa os motivos nos qual lhe levaram a formular aquela hipótese, baseado em conhecimento já incorporado a malha de conhecimento científico.
Propor Generalizações Documentar e disponibilizar no site de sua pesquisa em que artigo já incorporado a malha de conhecimento sua generalização se sustenta.
Verificação e validação Documentar e disponibilizar no site de sua pesquisa os dados obtidos das observações de suas hipóteses e generalizações, quais modelos propostos melhor se adequaram ao que foi observado, quais estavam errados e os dados que comprovam isto.
Escrever e publicar
Escrever relatórios, sobre o andamento de sua pesquisa a cada novo passo dado e disponibilizar no site de sua pesquisa.
Discursão e Validação Disponibilizar no site do projeto um local para as pessoas possam usar para comentários e observações e seu email para contato.
Incorporar a malha de conhecimento Publicar em um Periódico de renome e disponibilizar no site de sua pesquisa.
3 Site RR: https://sites.google.com/site/mptcandersondias/
1° A Unicamp (Universidade Estadual de Campinas) decidiu punir com 45 dias de suspensão um de seus professores, o químico Claudio Airoldi, acusado de fraudar 11 artigos científicos junto com outros pesquisadores. A decisão veio após a criação de uma comissão de sindicância e de um processo administrativo contra o pesquisador, concluído neste mês. A acusação de fraude foi revelada pela Folha em reportagem de março deste ano. Em nota, a Unicamp cita o relatório final da comissão que conduziu o processo para justificar a punição. Segundo o relatório, "o indiciado agiu com culpa na modalidade de negligência ao permitir que artigos usando técnicas alheias ao seu conhecimento científico fossem incluídas nas publicações, sem a devida análise de sua procedência". Segundo a comissão, a negligência teria violado o estatuto da universidade. 2º RR x Método Científico
Observação - Uma pagina RR contendo Título, Autores, Abstract, Referências do seu trabalho e todo background utilizado (se possível disponibilizar os artigos).( a fim de que seus resultados correspondam à realidade e não a ilusões derivadas da deficiência inerente aos sentidos humanos em captar a realidade).
Descrição - Disponibilizar todo o código para reprodução dos resultados, imagens e tabelas. (o experimento precisa ser replicável).
Previsão - Postar toda a documentação do código e um tutorial funcional, passo a passo de como replicar e executar sua pesquisa. (as hipóteses precisam ser válidas para observações feitas no passado, no presente e no futuro).
Falseabilidade - Um ambiente onde as pessoas possam reportar bugs, comentários e sugerir discussões.( ela deve ser proposta em uma forma que a permita atribuir-se a ela ambos os valores lógicos, falso e verdadeiro, de forma que se ela realmente for falsa, a contradição com os fatos ou contradições internas com a teoria venha a demonstrá-lo).
3° Site RR https://sites.google.com/site/eliveltoncristiano/
1. O artigo “Particokinetics: computational analysis of the superparamagnetic iron oxide nanoparticles deposition process”, de autores Walter HZ Cárdenas, Javier B Mamani, Tatiana T Sibov, Cristofer A Caous, Edson Amaro, Jr, e Lionel F Gamarra foi retratado por conter dados não referenciados, que apresentavam semelhanças com o conteúdo intelectual produzidos por Hinderliter PM, Minard KR e Orr O, entre outros, sendo motivo de acusação de plágio. Os pesquisadores do Hospital Israelita Albert Einstein (São Paulo, Brasil), liderado por Walter Cárdenas, foram acusados de não creditar e apropriar-se de dados de artigos da área, mudando a escala de alguns gráficos, por exemplo, ou copiando equações inteiras (inclusive com mesmas aproximações numéricas). Se o International Journal of Nanomedicine, no qual o artigo foi publicado, tivesse obrigado a utilização de conceitos de RR, a publicação de lista de ferramentas utilizadas e de matéria produzida, junto com a discussão do tema em fóruns de discussão, deixaria clara a apropriação indevida de conteúdo para a comunidade, impedindo assim a publicação de tal artigo. A referenciação de fontes seria a solução de RR para esse caso.
2. As etapas principais da produção do conhecimento científico e sua associação com práticas de RR: a)Natureza - Mostrar o estado atual do conhecimento, esclarecer a forma de observação do fenômeno; b)Ferramentas + conhecimento - Listar e detalhar ferramentas utilizadas (de preferência utilizar ferramentas de fácil acesso); c)Observação controlada - Listar e detalhar todos os dado colhidos na observação; d)Formular Hipóteses - Obter mais informação utilizando de fontes consolidadas e confiáveis; e)Propor Generalizações - Expurgar conflitos de interesse; f)Validação e Verificação - Disponibilizar todos os dados colhidos (imagens, medições, etc), lista de ferramentas utilizadas para a reprodução dos resultados; g)Escrever e Publicar - Escrever o relatório baseado no IMRaD, contendo título, autores, resumo e citações; h)Discussão e Validação - Discutir a tema em fóruns específicos, disponibilizar todos os dados colhidos; i)Incorporação à malha do conhecimento - Citar devidamente as fontes e, se possível, disponibilizar o artigo na web.
1ª Um dos casos que mais chocou o meio científico foi o do jovem prodígio Jan Hendrik Schön, pesquisador dos laboratórios Bell, um dos mais respeitados na área de Física. Com apenas 32 anos, o pesquisador alemão era considerado uma verdadeira máquina de trabalhar e de publicar trabalhos em prestigiosas revistas internacionais, como Nature e Science. Schön trabalhava na criação de transistores de moléculas, e na indução de supercondutividade em esferas de carbono. Apesar de seus resultados serem fantásticos, os demais pesquisadores da área não conseguiam reproduzir a maioria dos resultados. Em maio de 2002, um grupo de cientistas informou ao laboratório Bell ter descoberto que três gráficos que apareciam em trabalhos do grupo de Schön, para diferentes sistemas e efeitos, eram absolutamente idênticos. O laboratório criou um comitê para investigar as acusações, que não só foram confirmadas, mas até ampliadas. O comitê concluiu que o pesquisador tinha falsificado ou fabricado dados em pelo menos 16 trabalhos, dos 25 analisados Fonte: http://cienciaecultura.bvs.br/scielo.php?pid=S0009-67252003000300013&script=sci_arttext
2º Ferramenta mais conhecimento, pode ser associado a pratica de informar as ferramentas utilizadas, durante o processo de pesquisa, assim como as referências. Observação controlada, deve ser documentada. Escrever e publicar, de acordo com as especificações técnicas, informando detalhes, de modo a ficar evidente a reprodutibilidade da pesquisa.
1) O artigo "An Integrated Approach to the Prediction of Chemotherapeutic Response in Patients with Breast Cancer" dos autores Kelly H. Salter, Chaitanya R. Acharya, Kelli S. Walters, Richard Redman, Ariel Anguiano, Katherine S. Garman, Carey K. Anders, Sayan Mukherjee, Holly K. Dressman, William T. Barry, Kelly P. Marcom, John Olson, Joseph R. Nevins, and Anil Potti foi retratado com a utilização da re-examinação da validação de conjunto de dados usados por estudos da "Nature Medicine" que revelou a presença de erros na rotulagem de respostas clínicas no conjunto de dados. A re-análise com precisão da previsão dos dados corretamente rotulados mostrou que, em dois casos, as assinaturas relatadas não preveem a resposta das amostras de validação para quimioterapia. Se tivesse obrigado a utilização de conceitos de RR, a publicação de lista de ferramentas utilizadas e de matéria produzida, junto com a discussão do tema em fóruns de discussão, deixaria clara a apropriação indevida de conteúdo para a comunidade, impedindo assim a publicação de tal artigo.
2) Práticas de RR: a)Natureza: Mostrar o estado atual do conhecimento, explicar e esclarecer como foi feita a observação do fenômeno; b)Observação controlada: Listar, documentar, detalhar todos os dado colhidos na observação da pesquisa; c)Ferramentas + Conhecimento: Listar e detalhar ferramentas utilizadas como suas versões e fontes; d)Formular Hipóteses: Documentar e disponibilizar mais informação utilizando de fontes confiáveis; e)Propor Generalizações: Corrigir conflitos de interesses; f)Validação e Verificação: Documentar e disponibilizar todos os dados obtidos (imagens, medições, etc) e lista de ferramentas utilizadas para a reprodução dos resultados, modelos propostos para melhor se adequar ao que foi observado; g)Escrever e Publicar: Escrever o relatório baseado no IMRaD, contendo título, autores, resumo e citações, cada etapa e passos; h)Discussão e Validação: Disponibilizar em fóruns específicos para discussão o tema, disponibilizando todos os dados colhidos; i)Incorporação à malha do conhecimento: Publicar em periódico e disponibilizar o artigo.
3) Site RR: https://sites.google.com/site/hsilvaazevedo/
Anônimo
disse...
28 de junho de 2013 às 11:44
Este comentário foi removido pelo autor.
Anônimo
disse...
28 de junho de 2013 às 11:46
[1] O artigo "Severe dopaminergic neurotoxicity in primates after a common recreational dose regimen of MDMA ("ecstasy")", escrito pelo Dr. George Ricaurte, foi publicado pelo jornal "Science", e depois retratado. A razão foi que ao invés de usar MDMA, metanfetamina foi usada nos testes. Se as práticas de RR tivessem sido utilizadas, as evidências do uso dos elementos como: dados, parâmetros do modelo, relatórios, experimentos, dentre outros para estes testes, tivessem sido mais explicitadas, evitariam o uso de materiais que pudessem trazer algum prejuízo as pessoas ou mesmo a pesquisa.
[2] a) Natureza: Relatar e evidenciar o estado das informações atuais; b) Ferramentas + conhecimento : Relatar e evidenciar o paradigma, com detalhes claros (por exemplo plataforma, versão, substâncias entre outros); c) Observação controlada: Relatar os dados obtidos e se possível os dados retirados; d) Formular hipóteses: Relatar as informações que levaram as hipóteses, sendo elas obtidas preferencialmente de fontes confiáveis; e) Generalizações: Evidenciar as mudanças feitas, de acordo com as exigências; f) Validação e Verificação: Relatar os dados finais, como quais foram propostos melhor e se adequaram ao que foi observado; g) Escrever e publicar: Documentar as informações obtidas, disponibilizando-as claramente para que outras pessoas possuam utiliza-las; h) Discussão e Validação: Disponibilizar o artigo feito de forma que possa ser julgado; i) Incorporação à malha do conhecimento: Tornar o artigo alcançável a todos, publicando-o em um veículo qualificado.
1.Uma estória de farsa: Aquecimento global que foi anunciado pelos alguns cientistas(David King como autor principal) ha décadas atrás no IPCC (Intergovernmental Panel on Climate Change). Este artigo se trata de que os efeitos estufa e os buracos na camada de ozónio entraram na nossa casa por meio dos veículos de comunicação e causam danos quanto ao ambiente com a nós.E que um dia havera o apocalyse ou fim do mundo.Mas de 3 decadas ate agora,foi debatido pelos cientistas e chegaram a conclusao de que o aquecimento global e real mas pode ser causado pelo sol. As práticas de RR poderiam ter evitado a publicação do artigo na seguinte maneira : O relátorio da pesquisa deveria ser disponível ao publico com os comandos, instruções e qualquer artefato relevante. Para que eles(os cientistas e pesquisadores) tentarem reproduzir as etapas de pesquisas e chegarem a mesma conclusão. O artigo esteja associado a um fórum que possua recursos de discussão entre autores e leitores. Auxiliar a auditoria do financiamento do PC. Disseminar a utilização de ferramentas sem custar
2. Natureza:Mostrar o estado atual do conhecimento Ferramentas + conhecimento:Listar detalhadamente as ferramnetas usadas nas condicoes condicoes . as ferramentas deveriam ser sem custo. Observação controlada: colher os dados requeridas e possibilitar os estágios anteriores da pesquisa. Formular hipóteses:Descartar os fatores irrelevantes e analizar os fatores relevantes. Propor generalização:Permitir que outras pessoas refaçam a pesquisa e se os resultados baterem, proponha generalização. Validação e verificação:Disponibiliza todos os dados obtidos as ferramentas usadas e as possiveis melhorias. Escrever e Publicar:O relatorio reproduzido, revisado,verificado, validado e tambem deve obedecer as especificacoes do IMRAD no caso titulo,autores,resumo,citacoes, etc. Incorporacao a malha do conhecimento: Publicar num journal da ciencia ou periodico e disponibilizar o artigo para o publico. 3.https://sites.google.com/site/reproducibleresearchpage/
[1] Em 1988, o médico francês Jacques Benveniste publicou na Nature o artigo "Human basophill degranulation triggered by very dilute antiserum against lgE". Tal artigo apresentava ao mundo a teria da memória líquida ou memória da água. Nele, relata que a água é capaz de reter propriedades de substâncias que estiveram diluídas nela mas que não se encontram mais ali. Depois de um longo processo de revisão, os árbitros insistiram em ver evidências de que o efeito poderia ser replicado em outros três laboratórios independentes, mas a Nature publicou o artigo antes disso. A questão crucial era de como esse efeito de memória poderia ser reproduzido, questão essa que ninguém deu a devida atenção na época, inclusive os resultados exigidos pelos revisores nunca foram publicados. Outras equipes tentaram reproduzir os efeitos mas não conseguiram. O paper nunca foi recolhido, mas o editor John Maddox, posteriormente, comentou: "A minha convicção é de que o que foi mostrado lá continua sendo um fenômeno a ser explicado". Através da aplicação das técnicas de Reproducible Research, o autor poderia ter detalhado o ambiente utilizado e ter aberto sua pesquisa para discussão, assim talvez, sua teoria relatada no artigo poderia ou não ser validada e ser reproduzida com sucesso.
Artigo para download: http://bit.ly/152FmlM Na Nature: http://www.nature.com/nature/journal/v333/n6176/abs/333816a0.html ________________________________________________
[2] Associação das práticas RR com as etapas do ciclo de produção do conhecimento científico:
- Ferramentas + conhecimento: Relatório de pesquisa, conjunto de dados, scripts, descrição do ambiente utilizado.
- Generalizações: Tentar reproduzir suas hipóteses anteriormente formuladas, caso não obtenha êxito, investigar.
- Verificação e validação: Reproduzir estágios anteriores da pesquisa e permitir que outros reproduzam etapas de sua pesquisa.
- Escrita e publicação: Escrever no formato IMRaD, encorajar o uso e reuso de padrões, publicar dados e códigos em formato proprietários.
- Disseminação e discussão: Uma vez que a pesquisa utilizando práticas RR deve ser associada a um repositório público na web e a um forum para discussões entre autores e leitores, facilitando a comparação de técnicas, o artigo então é disseminado e discutido.
Mediante a comprovação das práticas RR aplicadas à pesquisa, ocorre sua incorporação à malha do conhecimento.
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[3] Site RR: http://sites.google.com/site/anageorgiagama
O artigo "For the origin of new geometry" de S.Kalimuthu foi retratado por não seguir os padrões que devem ser seguidos nas cartas e artigos da Matemática Aplicada, o resultado não é reproduzível visto que alguns de seus argumentos não fazem sentido matematicamente. Algumas práticas de RR poderiam prevenir esse evento, por exemplo demostrar preocupação na reprodução do trabalho por terceiros.
2)
Natureza-Observação: Armazenar os dados coletados, disponibilizar os meios usados para fazer a pesquisa.
Formulação de Hipóteses: Formular hipóteses que sejam visíveis com os meios e dados da etapa anterior assegurando a reprodutibilidade.
Generalização: Na generalização, optar pela solução mais clara.
Validação-Publicação: Seguir os padrões da comunidade científica associada para evitar conflitos, disponibilizar todo o material elaborado, Publicar em uma plataforma de pesquisa científica.
Duas equipes diferentes de físicos retrataram seus papers da Physical Review B depois de perceber que a amostra utilizada no primeiro trabalho publicado - e que formou a base do segundo artigo - foi identifcada erroneamente.
Os autores, cujo artigo foi citado três vezes, descreveram o que aconteceu quando eles reanalisaram seus dados:
"Ambos os conjuntos de dados (fig. 1 e 2) indicam que a amostra utilizada no nosso documento contém uma grande quantidade de um polimorfo da HCP La elementar do metal, e, assim, a anomalia calor específico com Tc = 4,9 K é dominado pela La metal ao invés de por um putativo supercondutor fenantreno Ba-dopado."
Editor da revista, Sprouse Gene, disse:
"Parece que Kasahara detectou o erro após algum amostra adicional caracterização motivado por um colega, e então comunicado o erro com Ying, que forneceu a amostra."
A utilização de RR para documentar com mais detalhe os experimentos poderiam ter detectado rapidamente este engano, e evitar essas retratações.
****
Associação Ciclo-RR: Ferramentas + Conhecimento : Detalhar publicamente as ferramentas usadas na pesquisa
Observação Controlada: Fazer relatórios das análises e testes
Propor Generalizações: Deve ser feito de acordo com a informação detalhada no relatório
Validação e Verificação: Usar RR para ter certeza que a pesquisa foi válida, ou seja, pode ser reproduizida. Para isso, publicar todos os métodos relevantes usados
Marc Hauser, biólogo da Universidade Harvard, teria falsificado dados de experimentos, afirmam antigos subordinados do pesquisador e teve seu artigo Rule learning by cotton-top tamarins retratado.
Em 20 de agosto de 2010, o reitor da Harvard's Faculty of Arts and Sciences divulgou um comunicado confirmando que uma investigação interna tinha encontrado Hauser como culpado de oito acusações de má conduta científica. Três contagens envolvendo artigos publicados e cinco estudos inéditos envolvidos. A declaração disse que Harvard estava cooperando com as investigações.
Em 2002 artigo publicado na revista científica Cognition foi retratado. Neste trabalho, Hauser e seus colaboradores concluíram que os macacos mico poderia aprender padrões simples. Em dois artigos publicados adicionais, algumas notas de campo e gravações de vídeo foram "incompletas", apesar de Hauser e seu co-autor replicados os experimentos. O Proceedings of the Royal Society publicou a replicação dos dados em falta em uma adenda a um dos papéis. Em abril de 2011 Hauser e Justin Wood (co-autor do artigo original) replicaram os resultados do estudo da Science de 2007 e publicou-os, como um adendo, na revista.
Em 19 de agosto de 2010, The Chronicle of Higher Education relatou o conteúdo das acusações feitas por um ex-assistente de Hauser. O ex-assistente de pesquisa afirmou que Hauser usava videos falsamente codificados de comportamento dos macacos. Resistiu a seus assistentes de pesquisa e a solicitações dos alunos para tê-los recodificados por outro observador e, em seguida, pressionou seus estudantes a aceitar a sua análise de dados.
Reproduzir os testes mais vezes antes de publicar, com outros observadores e cientistas. Pesquisa ser colocada em site de Reproducible Research durante o processo, no qual poderia ter sido verificado os erros, pois outros tentariam testar, e comentar sobre as falhas.
2 - RR + Método Científico.
Observação controlada: Através do site de RR, dar a chance de mais pessoas acompanharem seus testes.
Ferramentas: Uso de fórmulas, métodos, sites, programas de código aberto, em pró da máxima reprodutibilidade de seu experimento.
discussão e validação: Expor detalhes da sua pesquisa em seu site RR, e acompanhar as discussões sobre as realizações de experimentos da sua teoria, para verificar se realmente se aplica a todos os casos.
Segue abaixo o abstract de um artigo de neurociência publicado no periódico Cerebral Cortex. Onde o mal funcionamento de uma máquina no laboratório levou a falsos resultados. Os próprios autores pediram a retratação do artigo, entretanto o mesmo foi citado por outros dois artigos. Bastava tentar reproduzir os experimentos em outro laboratório para não obter os mesmo resultados. Entretanto, experimentos na área da medicina podem levar um longo período de tempo para ser concluídos. Boas práticas de RR como disponibilizar todos os detalhes da pesquisa e fornecer um suporte poderia evitar que tal artigo fosse publicado. “Cortical areas differ in the size and distribution of neuronal cell bodies, density, and distribution of myelinated axons, connections, and functional properties. We find that they also differ in the diameter of long corticofugal axons, with the thickest axons originating from primary motor, somatosensory, and visual areas and the thinnest ones from prefrontal and temporal areas. Since diameter is proportional to axonal conduction velocity, it can be inferred that action potentials issued from the different areas will be relayed to their targets at different speed. Conduction delays also depend on conduction distance. By computing conduction velocity and conduction distances, we found the longest conduction delays for the primary visual and temporal areas and the shortest for the premotor, primary motor, and somatosensory areas, compatible with the available electrophysiological data. These findings seem to establish a new principle in cortical organization relevant to the pathophysiology of neurological or psychiatric illnesses as well as to the speed of information processing in cortical circuits.”
Ciclo de produção do conhecimento Científico(Empírico) 1- Natureza 2- Ferramentas + Conhecimento 3- Observação controlada: Catalogar todas as condições em que foi efetuado os experimentos e também fotos, resultados e tudo o que foi utilizado. Para reproduções futuras. 4- Formular Hipóteses: Disponibilizar as técnicas necessárias para reprodução de sua pesquisa. 5- Propor Generalizações 6- Validação e Verificação: Garantir que não está cometendo plágio. 7- Escrever e Publicar: Fazer as devidas citações bibliográficas com seus respectivos abstracts. 8- Artigo Validado: Com uma boa prática de RR o artigo corre menos risco de ser retratado pois o autor possui todas as ferramentas necessárias para que seus experimentos sejam testados e reproduzidos por qualquer um, assim o trabalho estará mais coeso. Link: https://sites.google.com/site/limadmarlon/
1 - Hwang Woo-Suk ficou bastante conhecido depois de anunciar um avanço em pesquisas sobre clonagem, alegou ter conseguido criar, a partir de um embrião clonado, onze linhagens de células-tronco embrionárias, publicando um artigo na revista Science, no entanto investigadores descobriram que a equipe de Hwang só teria produzido duas linhas de células-tronco. O que parecia representar um avanço na possível oferta de curas personalizadas tornou-se um escândalo quando descobriu-se que ele havia falsificado trabalhos científicos além de outros cinco cientistas que teriam envolvimento nessa fralde e no desaparecimento de milhões de dólares em doações para a pesquisa. Promotores sul-coreanos disseram que Hwang teria sido enganado por um de seus assistentes, mas contribuiu para a fraude ao inventar dados posteriormente. Dos US$ 42,2 milhões que recebeu do governo para sua pesquisa, e US$ 4,35 milhões de fundações privadas, de acordo com auditores do Estado, não conseguiram localizar US$ 2,6 milhões. Além disso, o cientista foi acusado de usar parte do dinheiro para comprar óvulos humanos de doadoras, o que viola as leis de bioética do país. Para ter evitado a publicação do artigo deveriam ter sido empregadas as práticas do Reproducible Research, como ter um site na web associado a pesquisa, divulgando-a publicamente nas mídias, não deveria ter contribuído na manipulação dos dados, o que na repetição da experiência verificou-se que os dados estavam errados, com isso o artigo não teria sido retratado ou ainda publicado.
2 – Natureza: Fato a ser estudado. Ferramentas + Conhecimento – Paradigma: Todos os dados (imagens, medições, etc). Observação controlada: Relato das circunstâncias em que foram executadas as observações, que possibilitem a reprodução dos estágios da pesquisa, listando todos os dados colhidos. Hipóteses: formulação de hipóteses relatando como elas foram formuladas, disponibilizando no site de pesquisa. Propor generalizações: especificação do caso geral formulado a partir das hipóteses. Validação e Verificação: Todo o código de reproduzir os resultados, todas as imagens e tabelas, código bem documentado, Todos os dados (imagens, medições, etc) para reproduzir todos os resultados, imagens e tabelas. Facilitando a reprodução da pesquisa. Escrever e Publicar: Se as práticas de RR foram executadas, poderemos publicar o artigo de modo que ele não venha a ser retratado. Discutir e Validar: A pesquisa é reproduzida e é incorporada a malha do conhecimento científico.
1 - Estória da farsa O periódico Vaccum retratou um artigo de um grupo de pesquisadores indianos chamado: “Microwave synthesis, characterization and humidity sensing properties of single crystalline Zn2SnO4 nanorods”, onde os autores, além de plagiar, manipulou uma imagem de outro artigo publicado em outro periódico. Abaixo segue os links da figura original e do plágio, respectivamente.
http://dx.doi.org/10.1016/j.msec.2011.01.002 Figure 10, Materials Science and Engineering C 31 (2011) 840–844
2 - RR para prevenir Observação da Natureza Documentar e disponibilizar no site de sua pesquisa como foi feita a observação do seu determinado fenômeno de estudo.
Fatos Documentar e disponibilizar no site de sua pesquisa como foram colhidos seus dados.
Ferramentas Documentar e disponibilizar no site de sua pesquisa como e quais ferramentas foram usadas para tratar aquele fenômeno bem como suas versões e fontes.
Observação controlada Documentar e disponibilizar no site de sua pesquisa como seu objeto de estudo se comportou ao utilizar determinadas ferramentas.
Verificação e validação Documentar e disponibilizar no site de sua pesquisa os dados obtidos das observações de suas hipóteses e generalizações, quais modelos propostos melhor se adequaram ao que foi observado, quais estavam errados e os dados que comprovam isto.
Escrever e publicar
Escrever relatórios, sobre o andamento de sua pesquisa a cada novo passo dado e disponibilizar no site de sua pesquisa.
3 - Site https://sites.google.com/a/ic.ufal.br/diegomelo/
Patient-Specific Embryonic Stem Cells Derived from Human SCNT Blastocysts
Foi desmentido o sul-coreano Hwang Woo-suk que tinha afirmado ter clonado células de seres humanos, publicação na qual eles afirmavam ter concebido, pela primeira vez na história, embriões humanos a partir da técnica da clonagem por meio de uma transferência de um núcleo celular. Até que a Universidade Nacional de Seul confirmou que houve fraude nas pesquisas apresentadas, forçando a retratação desse artigo pelas Revistas "Science" e "Nature". Esse caso teve repercussão mundial e o cientista teve vários títulos retirados como o de pesquisador líder de 2005 concebido pela revista americana "Scientific American".
A fraude poderia ter sido evitada caso tivessem sido analisados e comprovado os resultados obtidos de acordo com os dados repassados pelo sul-coreano Hwang Woo-suk. O estudo posterior feito mostrou que as células ditas clonadas eram oriundas de um processo realizado in vitro, que provinha de um gameta feminino não fecundado.
2-Associação das práticas RR ao ciclo de produção do conhecimento:
fato a ser estudado será reportado - Fato da natureza
Será descrito as ferramentas e conhecimentos necessários para a reprodução do estudo realizado - Paradigma Ferramentas + conhecimento
Deverá ser relatado em quais circunstâncias foram feitas a observação controlada, ex.: o efeito da luz solar sobre as células, a ausência do ar, entre outros - observação controlada
Sob quais aspectos as hipóteses foram formuladas - hipóteses
A partir das hipóteses, deverá ser especificada qual o caso geral a ser seguido e por quais motivos - generalização
Será mostrado quais as provas que validam o caso geral - verificação e validação
Deverá ser relatado todos os passos anteriores que forem de relevância para a reprodução da experiência, de forma a disponibilizar o conteúdo necessário em um site estável, assim como qualquer ferramenta que se faça necessária - escrever/publicar artigo
Na sociedade científica discutir e verificar se todo o processo realmente é verídico e reproduzível com as informações fornecidas pelo autor - discussão
1. O "The journal Nurse Education Today" retratou o artigo “Interprofessional learning in acute care: Developing a theoretical framework” por pedido de seu editor-chefe. O motivo da retratação foi o uso indevido de dados fornecidos por um dos grupos envolvidos com a pesquisa. O uso do RR poderia solucionar esse problema pois a citação de todos os autores é obrigatória.
2. Etapas da do ciclo de produção do conhecimento associadas às práticas de RR:
- Ferramentas + conhecimento: Deve-se listar detalhadamente todas as ferramentas usadas na metodologia da pesquisa e se possível, fazer uso de ferramentas de fácil acesso.
- Observação controlada, validação e verificação: Documentar toda a metodologia e todos os resultados de uma forma clara para que possa ser reproduzida por outros pesquisadores.
- Escrever e publicar: Disponibilizar o artigo em seu site RR
- Discussão e Validação: Essa etapa acontecerá mais facilmente caso as etapas anteriores sejam realizadas corretamente, pois com uma documentação precisa da metodologia e o rápido acesso ao artigo em questão, a validação por outros pesquisadores acontecerá sem problemas.
3. Site utilizando as práticas de RR: https://sites.google.com/site/mptcnatalia/
O Journal Leukemia & Lymphoma retratou um artigo do ano 2004 feito por um grupo de autores no México depois de concluir que o artigo nunca deveria ter sido aceito.
O artigo "Adjuvant radiotherapy in stage IV diffuse large cell lymphoma improoves outcome"(Avilés A, Fernándezb R, Pérez F, Nambo MJ, Neri N, Talavera A, Castañeda C, González M, Cleto S.) enuncia: The role of adjuvant radiotherapy to sites of nodal bulky disease in patients with aggressive diffuse large cell lymphoma (DLCL), and stage IV remain undefined. We began a prospective controlled clinical trial to evaluate impact in event free survival (EFS) and overall survival (OS) in a large cohort of patients with a longer follow-up. Between 1989 and 1995; 341 patients with aggressive DLCL and presence of nodal bulky disease (tumor mass > 10 cm) in pathological proven complete response after intensive chemotherapy were randomized to received either radiotherapy (involved fields, 40 Gy) or not. The 5-year EFS and OS in radiated patients were respectively: 82% (95% Confidence interval (CI): 70-89%) and 87% (95% 80-99%), that were statistically significant to control group: 55% (41-64%) (P < 0.001) and 66% (95% CI: 51-73%) (P < 0.01) respectively. Radiotherapy was well tolerated, acute toxicity was mild and until now late toxicity did not appear. The use of adjuvant radiotherapy improve EFS and OS and probably the possibility of cure in patients diffuse large cell lymphoma with worse prognostic factors. Thus, we felt that adjuvant radiotherapy will be considered as part of the initial treatment in this setting of patients.
Em 2012, preocupações sobre a acurácia em algumas partes do artigo publicado oito anos antes foi levantadas pelos editores. Depois de um investigação e uma revisão revisão, os editores contactaram o autor procurando alguns esclarecimentos.
A decisão, em parte, foi em função da falta de clareza e de potencial interpretação de definições de uma Resposta Completa no estudo e em como isso pode ter influenciado a inclusão ou exclusão de pacientes. Também houveram questões relacionadas a análises estatísticas e interpretação de resultados. Além disso outras outras ambiguidades e inconsistências deixaram em dúvida a acurácia e a robustez das conclusões.
Infelizmente, com a extensa lista de mudanças a serem feitas para resolver as questões não se pode ser feita uma simples correção, seria necessário a submissão de um novo manuscrito. É importante notar que estas indagações não estabelecem nenhuma evidência de má conduta científica deliberada pelos autores.
Para evitar que casos como esse ocorram devemos usar os passos de RR sempre que formos escrever um artigo. Nesse caso especificamente os autores poderiam ter seguido o passo de RR o qual explicita que todo o "código" para reproduzir todos os resultados, imagens e gráficos deve ser disponibilizado e explicado como executá-lo. Outro passo, que vai mais de encontro com o problema é que todos os dados(imagens, medidas, dentre outros) para reproduzir os resultados estejam bem coesos e bem explicado para que possa ser reproduzido, e se possível explicando o que os dados representam. E também o passo que mostra as "configurações" em que foi feito o experimento.
Associando as práticas de RR com o ciclo de produção do conhecimento científico: Ao se iniciar com a produção de conhecimentos no ciclo em RR é priorizada a reprodução do conhecimento e ao se passar para o registro seguimos as técnicas de RR para que a partir deste registro(papper) o experimento possa ser refeito. A organização do conhecimento registrado deve seguir alguns passos que auxiliam na reprodução, como: Todos os dados e medidas registrados e/ou recebidos devem ser escritos no artigo, assim como o ambiente e o modo em que foi reproduzido o conhecimento, e-mail para que outros pesquisadores possam contactar os autores para mais detalhes do experimento e seus resultados. Link para o site: https://sites.google.com/site/mtpcricardoafolopes/home
1. Estória de farsa na ciência O blog Americano Science Fraud (agora desativado) publicou em novembro do ano passado alguns trabalhos de Rui Curi, diretor do Instituto de Ciências Biomédicas (ICB) da Universidade de São Paulo, que teriam sidos fraudados para influenciar nos resultados. Desde a publicação, cerca de dois trabalhos dele foram retratados e três corrigidos. O artigo "Non-esterified fatty acids and human lymphocyte death: a mechanism that involves calcium release and oxidative stress" de Rui Curi e seus colaboradores, publicado na revista Journal of Endocrinology em 1 de outubro de 2007, foi corrigido e depois retratado em 28 de dezembro de 2012 por conter imagens de proteínas em gel supostamente adulteradas (embora os autores afirmassem que não houve fraude e sim erros na montagem das mesmas) que eram a base experimental das conclusões do trabalho. Como as práticas de RR poderia ter evitado a publicação do artigo? As práticas de Reproducible Research (RR) preconizam que toda pesquisa científica, para ser aceita em veículos de impacto deve estar associada a uma página web pública, sendo disponibilizados todos os dados, procedimentos e materiais para que a pesquisa possa ser reproduzida por outros pesquisadores autônomos, e assim, validar os resultados obtidos. Deste modo, pode ser descoberto alguma falha na pesquisa antes do artigo ser publicado. Por isso as práticas de RR são tão importantes, pois torna a pesquisa científica acessível e reproduzível, e erros podem ser encontrados antes do artigo ser publicado, evitando assim, a retratação do artigo. Se o artigo supracitado estivesse utilizado à prática de RR ele não teria sido publicado, pois o erro nas imagens iria ter sido constatado por outros pesquisadores que não obtiveram o mesmo resultado.
2. Associe as práticas de RR com as etapas do ciclo de produção do conhecimento científico As etapas do ciclo de produção do conhecimento científico são: produção e divulgação. Na primeira é feita a elaboração do problema a ser investigado, a seleção de uma metodologia para a investigação, a condução da própria investigação e a análise e interpretação dos resultados obtidos. Na segunda parte o trabalho é divulgado para os demais pesquisadores reproduzir a pesquisa e verificar se obtém o mesmo resultado, constatando a veracidade da pesquisa. As práticas de RR poderiam ser utilizadas nessas etapas da seguinte maneira: A medida que os experimentos fossem sendo realizados, eles poderiam ser colocados em acesso ao público para verificar se o autor até aquele momento de desenvolvimento da pesquisa não cometeu nenhum equívoco. Sendo assim, o artigo quando fosse publicado em um periódico especializado não correria o risco de conter erros e ser retratado.
3. Poste o link para a página RR do seu projeto de pesquisa. Link: https://sites.google.com/site/ruthmariiaa/
Anônimo
disse...
28 de junho de 2013 às 16:20
Este comentário foi removido pelo autor.
Anônimo
disse...
28 de junho de 2013 às 16:24
1) Estória de farsa na Ciência:
O jornal The Aging Male retratou um artigo de 2013 por um grupo de pesquisadores chineses que teriam publicado o mesmo trabalho - mais ou menos - com um título chinês.
O artigo foi encontrado a reproduzir conteúdo de um alto grau de similaridade, sem atribuição ou reconhecimento apropriado pelos autores, a partir do artigo original.
A maioria do texto no manuscrito publicado no The Aging Male é quase palavra por palavra idêntico ao texto publicado no Jornal de Medicina Chinesa, e os dados apresentados em todas as quatro tabelas também são essencialmente os mesmos. Os autores cooperaram totalmente com as investigações e concordaram em corrigir a redundância no registro literário.
A política do jornal a esse respeito é clara: The Aging Male considera todos os manuscritos sobre a estrita condição de que eles tenham sido apresentados apenas para o jornal The Aging Male, que eles já não tenham sido publicados, e que não estejam sob consideração para publicação na imprensa ou em outro lugar.
The Aging Male publicou este artigo na boa-fé, e com base em declarações feitas pelo autor correspondente em relação à originalidade do trabalho. O artigo é retirado de todas as edições impressas e eletrônicas.
O problema apresentado poderia ter sido facilmente evitado com as práticas de RR, pois, com elas, teria sido feita uma referência ao artigo original, dando o reconhecimento apropriado aos autores.
2) Práticas de RR associadas com as etapas do ciclo de produção do conhecimento científico:
* Detalhar as ferramentas utilizadas (de fácil acesso, se possível): Ferramentas + Conhecimento * Documentar a metodologia e detalhar os dados obtidos com a observação: Observação Controlada * Formular hipóteses com base em informações de fontes confiáveis: Formulação de Hipóteses * Documentar, validar e verificar os dados obtidos a reproduzirem todos os resultados: Validação e Verificação * Escrever relatórios, informando o andamento da pesquisa: Escrita e Publicação * Disponibilizar o artigo para ser discutido: Discussão e Validação * Publicar o artigo: Incorporação à Malha do Conhecimento
3) Link para a página RR do meu projeto de pesquisa: https://sites.google.com/site/mptcjuliana/
Dupla submissão leva à retratação do paper de probabilidade. Dois autores da Coreia do Sul obtveram uma proibição de 5 anos da revista Journal of Theoretical Probability por publicarem um duplo paper na literatura matemática. O artigo “Convergence of Weighted Sums for Arrays of Negatively Dependent Random Variables and Its Applications”, foi escrito por Baek Jong-Il e Sung-Tae Park da University Wonkwang em Iksan. O editor-chefe do Jornal da probabilidade teórica descobriu que uma duplicata de "Convergência de somas ponderadas para matrizes de variáveis aleatórias negativamente dependentes e suas aplicações", de Jong-Il e Baek Sung-Tae Park, Jornal de probabilidade teórica, Volume 23, Issue 2, páginas 362-377, foi apresentada simultaneamente em 31 de maio de 2008, para tanto esta publicação, Journal of Planning Estatística e Inferência e foi publicado, com o consentimento explícito dos autores, no Journal of Planning Estatística e Inferência muitos meses depois que foi publicado neste jornal. Uma das condições de apresentação de um artigo para publicação é que os autores declaram explicitamente que o papel não esteja sob consideração para publicação em outro lugar. Este artigo, portanto, representa um abuso grave do sistema de publicação científica.
Por esta razão, o editor-chefe do Jornal da probabilidade teórica, de acordo com a editora, ora se retrai este artigo.
Como sanção, Journal of probabilidade teórica não permitirá que os autores do artigo para participar da revista de forma alguma até 1 de Janeiro de 2018.
O aviso é assinado por James Allen Fill, editor-chefe da revista, eo papel foi citado três vezes, de acordo com a Thomson Scientific Web of Knowledge. O Jornal de Planejamento Estatística e Inferência versão ainda não foi citada.
As práticas de RR que poderiam ter evitado à publicação à pesquisa estar em um repositório com acesso pulblicado na web e esteja associada a um forúm ou algo similar que possua recursos de discussão entre autores e leitores, e garantir acesso irrestrito a todas alterações e dados, para que pudessem descobrir essa dupla pulblicação.
2)As práticas de RR estão totalmente ligadas com o ciclo de produção científica, pois a primeira prática de RR é que esteja associada a um repositório com acesso púlblico na web, essa prática está ligada à parte do ciclo sobre escrever e pulbiclar; a segunda prática é ser disponilizados um relatório com todos os dados e recursos usados na pesquisa que está ligado observações controladas, e contribuem para à verificação e validação; a terceira prática é estar associada a um forum de discussões que está ligada â disseminação e discussão do conhecimento cientifíco; a quarta é ter o formato IMrRaD que está ligado à escrever e pulblicar também.
Arthur Monteiro Alves Melo 1) Pesquisadora do Instituto de Microbiologia da Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), a professora Angela Hampshire Lopes encaminhou à Pró-Reitoria de Pesquisa da USP uma denúncia de plágio contra um grupo de pesquisadores do qual faz parte a professora Suely Vilela. A reitora da USP é co-autora de um artigo científico que reproduz, sem citar a fonte, material originalmente publicado, cinco anos antes, por um grupo de pesquisa liderado pela professora Angela Lopes. Uma sindicância foi aberta para apurar o caso. O artigo contestado, que foi publicado em 2008 na revista Biochemical Pharmacology (edição 76), reproduz três imagens colhidas em microscópio eletrônico idênticas às que constam de um outro artigo, publicado em 2003 na revista Antimicrobial Agents and Chemotherapy (v. 47, nº 6), por Angela Lopes e seu grupo. Além disso, algumas passagens do artigo de 2008 são quase integralmente copiadas do artigo de 2003. Não há qualquer referência ao trabalho anterior e aos seus autores. Como a reprodução dos resultados é um fator primordial na ciência. Quando ela é bem aceita uma pesquisa tem boa credibilidade e o paper é “blindado” de plágios pois sua reputação entre a comunidade cientifica será grande devido ao número de reproduções que evitara o uso de suas imagens, trechos, entre outros sem a devida citação. 2) ->Natureza: A natureza será primordial no RR como em qualquer método cientifico. ->Paradigmas: Para haver uma reprodução dos resultados são preciso ferramentas e um grande conhecimento empírico, sem isso não aconteceram resultados semelhantes ou satisfatórios. ->Observação Controlada: Observação controlada para a reprodução dos resultados são importantíssimas pois é necessário que os resultados sejam válidos do jeito que foram descritos, para que sua repetição sejam semelhante para qualquer pessoa que aderir-la. ->Formula Hipóteses: Nesse caso é mais uma forma de expandir o campo com a RR, pois novas serventias do conhecimento dado podem ser achados por outros pesquisadores e assim aumentar o campo de pesquisa com a RR. ->Generalização: Caso o campo tenha sido expandido é preciso novamente generalizar se é válido para outras camadas. ->Validação e verificação: RR do novo campo achado. -> Escrever e publicar: Como todo estudo cientifico é apenas conhecido/válido quando é publicado, de preferencia em um periódico de respeito.
3) Link para a página RR https://sites.google.com/site/arthurmamelo/
1. Atividade 1: a Estória a seguir relata sobre um artigo que foi retratado por os dados terem sido apresentados de forma errônea, e consequentemente, a hipótese levantada não tinha fundamento, ou seja, desde a coleta dos dados, até o final do artigo, toda a pesquisa esteve seriamente comprometida. O que pude notar ao ler a notícia, é que ao coletar os dados e observá-los, não se explicitou como foi feita a análise dos mesmos, o que analisaram, e em que tipo de organismo se observou aquilo. Trazendo para a construção do conhecimento científico e escrita do artigo, essas observações a ser feitas teriam que estar presentes na seção metodologia. Com as práticas do RR, isso seria evitado, e nem mesmo o artigo teria sido publicado.
Autism genetics papers retracted after fraud inquiry at NY research agency
Here’s what the retraction notice has to say:
The retraction is on the basis of significant errors with presentation of some of the data reported in these papers. Concerns about the published data came to light following careful scrutiny of the protein blots and corresponding data quantification for certain experiments. Further investigation revealed that in the article entitled ‘Up-regulation of Ras/Raf/ERK1/2 signaling and ERK5 in the brain of autistic subjects,’ for certain blots depicting actin bands, used to compare blots depicting p-C-Raf and C-Raf, images were truncated and therefore did not show all of the samples that were run. Other blots depicting actin bands, used to compare blots depicting Erk1/2 and Erk5, were inserted into the figure upside down. In other cases, there were discrepancies between the number of Erk1/2 samples shown in a blot and the number of samples that were quantified. In the article entitled ‘Association of up-regulated Ras/Raf/ERK1/2 signaling with autism,’ a blot depicting actin bands purportedly from mouse tissues samples was the same representation of an actin band from human samples presented in the article entitled ‘Up-regulation of Ras/Raf/ERK1/2 signaling and ERK5 in the brain of autistic subjects.'
2. Atividade 2 *Ferramentas + conhecimento/ Observações controladas: documentar e disponibilizar no sítio web RR da sua pesquisa, qual ou quais ferramentas foram usadas para registrar os fenômenos, como foram registrados os fenômenos, e quais suas referências de conhecimento acerca desses fenômenos. Registrar e disponibilizar também como seu objeto de estudo (fenômenos) se comportou ao utilizar determinadas ferramentas, e ao eliminar fatores adversos. *Formulação de Hipóteses: disponibilizar no site web de sua pesquisa os motivos que levaram lhe a formular a(s) hipótese(s), explicando o porquê de descartar alguns fatores irrelevantes, baseado em conhecimento incorporado à malha de conhecimento. *Propor Generalizações: disponibilizar no site de sua pesquisa em que referências, que já se encontram incorporadas à malha do conhecimento, sua generalização se sustenta. *Verificação e validação: explicitar quais modelos propostos melhor se adequaram ao que foi observado, quais estavam errados e os dados que sustentam sua(s) hipótese(s). *Escrita e publicação: seguindo o modelo IMRaD, publicar em um periódico de qualidade e aceite de nível internacional, e disponibilizar na sua página RR. *Discussão e Validação: disponibilizar no site do projeto ou em outros locais como fóruns, um local para que as pessoas possam deixar comentários e observações sobre sua pesquisa que possam contribuir para a evolução do seu trabalho, e seu e-mail para contato.
1.Em 2004 o cientista Sul Coreano Woo-suk Hwang alavancou sua popularidade depois de anunciar que seu grupo de pesquisa havia produzido os primeiros embriões humanos clonados. E seguidamente disse ter conseguido também extrair as células-tronco embrionárias. Apesar da controversia ligada ao assunto, Hwang teve sua fama mundial elevada em pouco tempo e o seu laboratório começou a ter forte investimento do governo da Coréia do Sul e de colaborações internacionais. Sua alegria durou pouco pois em 2005 ele foi acusado de coagir as mulheres e sua equipe a doar óvulos. Mas a maior descoberta foi que seus resultados eram todos fraudados. O episódio não marcou só a derrota do pesquisador, mas sobre tudo a fragilidade dos métodos usados pelos periódicos para lidar com fraudes. Antes da revelada farsa, os estudos de Hwang haviam sido aclamados pelo principal periódico científico americano, o Science, como espetaculares revoluções científicas.
Para evitar todo este escândalo, a pratica de RR séria bem eficiente para evitar a fraude, só pelo caso de ele expor todas as suas ferramentas e métodos para conseguir um resultado esperado, seria o suficiente para desmascaras a fraude.
2.A pratica do RR pode ser feita inicialmente pela fase da observação controlada até a parte de verificação e validação, guardando sempre as ferramentas usadas para conseguir o resultado final que foi conseguido na pesquisa, deste modo o artigo poderá ser reproduzido.
1) O HOMEM DE PILTDOWN Em 18 de dezembro de 1912, os arqueólogos Charles Dawson e Arthur Smith apresentaram a comunidade cientifica um fossil de um cranio com mandibula que, supostamente, seria de uma espécie ancestral do homem. Meio homem e meio primata. O fossil teria sido encontrado em uma mina de cascalhos em Piltdown (uma vila do condado ingles de Sussex), daí o nome homem de Piltdown. Anos mais tarde, em 1953, cientistas do museu e da universidade de Oxford descobriram que o homem de Piltdown era uma fraude, na verdade o cranio era de um homem e a mandibula era de um primata.
Fonte: Wikipedia/As Grandes Fraudes da Ciencia-Guia do Estudante Abril/ Reportagem de Maria Fernanda Ziegler-IG São Paulo
Reproducible research: Nesse caso, devido a dificuldade de se reproduzir estudos arqueológicos, talvez as praticas de reproducible research não fossem tão eficazes na descoberta da fraude, como pode ser em outras áreas do conhecimento. Mas de toda forma, um maior detalhamento dos dados do estudo forneceriam mais indicios de fraude.
2)ASSOCIAÇÃO REPRODUCIBLE RESEARCH-CICLO DE REPRODUÇÃO DO CONHECIMENTO CIENTIFICO As praticas de reproducible research se encaixam particularmente em quatro etapas do ciclo de produção do conhecimento cientifico. Na questão do paradigma utilizado, na verificação e validação, na escrita e publicação e na disseminação e discussão. Atravez de um bom detalhamento das ferramentas e dos dados utilizados, o paradigma fica bem destacado; as informações claras de como chegar na conclusão do estudo, facilitam a reprodução do mesmo para quem estiver trabalhando com o paper; as normas de escrita e a disposição dos dados, ajudam o cientista na hora de escrever o paper; e atravez da paginaweb da pesquisa, o trabalho de disseminação e discurssão é facilitado.
3)Link do Trabalho https://sites.google.com/site/rrtrabalhodepesquisa/
1 - O artigo “Prediction of Posttranslational Modification Sites from Sequences with Kernel Methods”, escrito por Xiaobo Wang, Yongcui Wang, Yingjie Tian, Xiaojian Shao, Ling-Yun Wu, e Naiyang Deng, e publicado no Journal of Computational Chemistry em 21 de abril de 2010, foi retratado em um acordo entre os autores e os editores do periódico. A retratação foi devido a um erro de cálculo que levou os autores a exagerar o nível de desempenho do seu modelo computacional. As práticas de RR poderiam ter ajudado os autores, pois se tudo estivesse bem documentado e publicado, o problema provavelmente seria notado pelos integrantes da equipe e/ou pela comunidade científica.
2 – Relações entre as práticas de RR e as etapas do ciclo de produção do conhecimento científico:
Observação da Natureza e dos fatos: Disponibilizar informações a respeito do método utilizado para as observações.
Ferramentas: Disponibilizar informações a respeito das ferramentas utilizadas para tratamento dos fatos apresentados.
Observação controlada: Disponibilizar informações a respeito das evidências geradas ao aplicar as ferramentas.
Formulação de hipóteses: Disponibilizar as hipóteses levantadas baseadas nas observações e no conhecimento científico já existente.
Verificação e validação: Disponibilizar informações a respeito dos resultados obtidos através das observações das hipóteses.
Escrever e publicar: Documentar e disponibilizar os passos mais importantes durante o desenvolvimento da pesquisa.
Incorporar a malha de conhecimento: Expor o artigo à comunidade científica através da publicação em algum periódico.
1 - Em julho de 2006, Kim Tae-Kook publicou o artigo Small molecule–based reversible reprogramming of cellular lifespan, que após algum tempo não pode ser reproduzido pelo seus colegas de universidade.
1º Os pesquisadores, da Universidade Singidunum, em Belgrado, tiveram O artigo: “Challenges of information and communication technology in energy efficient smart homes” retratado a pedido Editor-Chefe. “The article duplicates significant paragraphs of various internet sources as well as copied paragraphs from published papers. Re-use of any data should be appropriately cited. As such this article represents a severe abuse of the scientific publishing system. The scientific community takes a very strong view on this matter and apologies are offered to readers of the journal that this was not detected during the submission process.” O artigo possui significativos parágrafos duplicados de diversas fontes da internet, bem como parágrafos copiados de trabalhos publicados.
As práticas do RR nesses casos ajudam na análise das fontes de pesquisa utilizadas pelos autores dos artigos, dificultando a prática de plágio ou copia de trabalhos.
2º As páginas RR contribuem nas etapas do conhecimento desde a escolha da área do conhecimento que será estudada, pois é possível verificar as atuais pesquisas, também na coleta de dados, para que os autores analisem bem as informações evitando duplicações, fazendo as devidas citações. E a cada modificação dar a oportunidade para os leitores proporem genaralizações.
3º jonathassilvametodologia
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35 comentários:
1- Estória de farsa na ciência:
“O físico Victor Ninov e sua equipe publicaram, em 1999, a descoberta do elemento químico 118 -o mais pesado que poderia existir-. No ano seguinte, a equipe não conseguiu reproduzir a experiência. Investigações provaram que Ninov havia forjado os resultados.”
Caso as práticas de Reproducible Research já estivessem em pleno uso, a equipe canal onde tal "farsa" foi públicada haveria tentado reproduzir a experiência, e ao falhar na tentativa haveria investigação a respeito e como provado que os resultados foram forjados seria comprovado que a pesquisa era falsa, sendo assim impedida de ser públicada.
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2- Os únicos tópicos que fui capaz de associar foram:
*Ferramentas + conhecimento - artigos utilizados como referências para determinada construção do conhecimento;
*Disseminação/Discussão - contatos que leitores possam fazer, a fim de discutir sobre assuntos específicos;
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3- Link do site: https://sites.google.com/site/mptcprojeto/
1-
Hwang Woo Suk tornou-se mundialmente famoso quando alegou, na revista científica Science, que havia criado células-tronco a partir de um embrião humano clonado.
Em um artigo publicado em junho pela revista científica Science, Hwang alegava ter produzido 11 linhas de células-tronco de embriões humanos clonados, em uma nova técnica para "produzir" tecidos que se adaptariam perfeitamente ao DNA de um doador.
O painel de investigadores descobriu, no entanto, que a equipe de Hwang produziu apenas duas linhas de células-tronco, e caiu em desgraça em janeiro, quando descobriu-se que ele havia falsificado trabalhos científicos.
Cinco outros cientistas também foram indiciados nesta sexta-feira por envolvimento na fraude de Hwang e no desaparecimento de milhões de dólares em doações para a pesquisa.
Promotores sul-coreanos disseram que Hwang foi enganado por um de seus assistentes, que alegou ter clonado células embriônicas, mas contribuiu para a fraude ao inventar dados posteriormente.
O pesquisador recebeu o equivalente a US$ 42,2 milhões do governo para sua pesquisa, e US$ 4,35 milhões de fundações privadas, de acordo com auditores do Estado. Desses recursos, eles não conseguiram localizar US$ 2,6 milhões. Os promotores alegam que Hwang comprou um carro e pagou contribuições a políticos e funcionários de empresas que ajudaram na concessão dos recursos.
Para evitar a farsa, inicialmente deveria ter conferido os resultados de seus assistentes. Não deveria ter contribuído com a manipulação de dados, pois os contribuintes esperavam resultados. Não deveria ter publicado seu artigo. E como havia publicado, deveria pedir que o artigo fosse desconsiderado.
2-
Formulação de perguntas: Os RR respondem como foram obtidos os dados, e quais são seus resultados.
Observações controladas: Os RR relatam dados produzidos, e exibe, de forma a ser do conhecimento de todos os resultados obtidos.
Hipóteses: Descreve em quais circunstancias foram obtidos tais dados
Verificação: Serve para que outras pessoas possam utilizar ou entender resultados
Publicação: Dispõe dados utilizados na pesquisa
Discussão: Logo que é de conhecimento de todos, e caso haja duvidas sobre métodos e dados obtidos
3-
https://sites.google.com/site/haniziops/
1.No artigo “Cooperative melting in caged dimers of rigid small molecule DNA-hybrids”,foi afirmado:
“Rigid small-molecule DNA hybrids (rSMDHs) have been synthesized with three DNA strands attached to a rigid tris(phenylacetylene) core. When combined under dilute conditions, complementary rSMDHs form cage dimers that melt at >10 degrees C higher and much sharper than either unmodified DNA duplexes or rSMDH aggregates formed at higher concentrations. With a 2.97 average number of cooperative duplexes, these caged dimers constitute the first example of cooperative melting in well-defined DNA-small-molecule structures, demonstrating the important roles that local geometry and ion concentration play in the hybridization/dehybridization of DNA-based materials.”
Porem , um grupo de pesquisadores com estudos posteriores gerando a desconfiança na validade de suas conclusões iniciais, então o investigador do caso suspendeu o artigo, abrindo as investigações, foi descoberto que os dados eram invalidos.
2.A falta da pratica do RR acarretou a publicação do artigo e logo no retiramento dele, a falta de divulgação do artigo nas mídias, o acumulo de dados duvidosos para a repetição da experiência, referencias , e outros fatores do RR, levou a curiosidade e logo a novos testes, foi quando foi comprovado a incoerência de dados, pois o fato não era reprodutível , e logo o artigo foi retirado. Tudo poderia ter sido evitado se as praticas de RR, tivessem sido tomadas, evitaria a publicação.
3.Meu site :https://sites.google.com/site/thiagosouzaam/home
1
O “The Journal of Mathematical Physics” retratou um Artigo chamado:
“Homotopy perturbation method to obtain exact special solutions with solitary patterns for Boussinesq-like B(m,n) equations with fully nonlinear dispersion:”
Traduzindo:
"método de perturbação Homotopia obter soluções especiais exatas com padrões solitário por Boussinesq-como B ( m , n equações) com dispersão totalmente não-linear: "
O artigo foi retratado, pois possuía passagens extensas incluindo os resultados que Ahmet Yildirim o autor alegou serem novos, porém eram idênticos a um material publicado anteriormente por Yonggui Zhu.O autor não concordou com essa retração, uma grande curiosidade sobre Ahmet Yildirim é que ele obteve seu doutorado em 2009 e tem publicado impressionantes 279 artigos.
Se os métodos de RR estivessem sidos usados para avaliação do artigo, este plágio haveria sido descoberto facilmente, pois haveria uma avaliação profunda de como foi feita a pesquisa, suas referencias e observações e possivelmente haveria uma comparação sistemática com os artigos existentes sobre o tema fazendo com que o grupo de avaliadores chegasse a descobrir que os dados ali descritos como obtidos com os testes do autor vinham de outro artigo, chegando à conclusão de plágio antes de sua publicação.
2
Observação da Natureza
Documentar e disponibilizar no site de sua pesquisa como foi feita a observação do seu determinado fenômeno de estudo.
Fatos
Documentar e disponibilizar no site de sua pesquisa como foram colhidos seus dados.
Ferramentas mais conhecimento
Documentar e disponibilizar no site de sua pesquisa como e quais ferramentas foram usadas para tratar aquele fenômeno bem como suas versões e fontes.
Observação controlada
Documentar e disponibilizar no site de sua pesquisa como seu objeto de estudo se comportou ao utilizar determinadas ferramentas.
Formulação de Hipóteses
Documentar e disponibilizar no site de sua pesquisa os motivos nos qual lhe levaram a formular aquela hipótese, baseado em conhecimento já incorporado a malha de conhecimento científico.
Propor Generalizações
Documentar e disponibilizar no site de sua pesquisa em que artigo já incorporado a malha de conhecimento sua generalização se sustenta.
Verificação e validação
Documentar e disponibilizar no site de sua pesquisa os dados obtidos das observações de suas hipóteses e generalizações, quais modelos propostos melhor se adequaram ao que foi observado, quais estavam errados e os dados que comprovam isto.
Escrever e publicar
Escrever relatórios, sobre o andamento de sua pesquisa a cada novo passo dado e disponibilizar no site de sua pesquisa.
Discursão e Validação
Disponibilizar no site do projeto um local para as pessoas possam usar para comentários e observações e seu email para contato.
Incorporar a malha de conhecimento
Publicar em um Periódico de renome e disponibilizar no site de sua pesquisa.
3
Site RR:
https://sites.google.com/site/mptcandersondias/
1°
A Unicamp (Universidade Estadual de Campinas) decidiu punir com 45 dias de suspensão um de seus professores, o químico Claudio Airoldi, acusado de fraudar 11 artigos científicos junto com outros pesquisadores.
A decisão veio após a criação de uma comissão de sindicância e de um processo administrativo contra o pesquisador, concluído neste mês. A acusação de fraude foi revelada pela Folha em reportagem de março deste ano.
Em nota, a Unicamp cita o relatório final da comissão que conduziu o processo para justificar a punição.
Segundo o relatório, "o indiciado agiu com culpa na modalidade de negligência ao permitir que artigos usando técnicas alheias ao seu conhecimento científico fossem incluídas nas publicações, sem a devida análise de sua procedência".
Segundo a comissão, a negligência teria violado o estatuto da universidade.
2º
RR x Método Científico
Observação - Uma pagina RR contendo Título, Autores, Abstract, Referências do seu trabalho e todo background utilizado (se possível disponibilizar os artigos).( a fim de que seus resultados correspondam à realidade e não a ilusões derivadas da deficiência inerente aos sentidos humanos em captar a realidade).
Descrição - Disponibilizar todo o código para reprodução dos resultados, imagens e tabelas. (o experimento precisa ser replicável).
Previsão - Postar toda a documentação do código e um tutorial funcional, passo a passo de como replicar e executar sua pesquisa. (as hipóteses precisam ser válidas para observações feitas no passado, no presente e no futuro).
Falseabilidade - Um ambiente onde as pessoas possam reportar bugs, comentários e sugerir discussões.( ela deve ser proposta em uma forma que a permita atribuir-se a ela ambos os valores lógicos, falso e verdadeiro, de forma que se ela realmente for falsa, a contradição com os fatos ou contradições internas com a teoria venha a demonstrá-lo).
3°
Site RR https://sites.google.com/site/eliveltoncristiano/
1. O artigo “Particokinetics: computational analysis of the superparamagnetic iron oxide nanoparticles deposition process”, de autores Walter HZ Cárdenas, Javier B Mamani, Tatiana T Sibov, Cristofer A Caous, Edson Amaro, Jr, e Lionel F Gamarra foi retratado por conter dados não referenciados, que apresentavam semelhanças com o conteúdo intelectual produzidos por Hinderliter PM, Minard KR e Orr O, entre outros, sendo motivo de acusação de plágio.
Os pesquisadores do Hospital Israelita Albert Einstein (São Paulo, Brasil), liderado por Walter Cárdenas, foram acusados de não creditar e apropriar-se de dados de artigos da área, mudando a escala de alguns gráficos, por exemplo, ou copiando equações inteiras (inclusive com mesmas aproximações numéricas).
Se o International Journal of Nanomedicine, no qual o artigo foi publicado, tivesse obrigado a utilização de conceitos de RR, a publicação de lista de ferramentas utilizadas e de matéria produzida, junto com a discussão do tema em fóruns de discussão, deixaria clara a apropriação indevida de conteúdo para a comunidade, impedindo assim a publicação de tal artigo. A referenciação de fontes seria a solução de RR para esse caso.
2. As etapas principais da produção do conhecimento científico e sua associação com práticas de RR:
a)Natureza - Mostrar o estado atual do conhecimento, esclarecer a forma de observação do fenômeno;
b)Ferramentas + conhecimento - Listar e detalhar ferramentas utilizadas (de preferência utilizar ferramentas de fácil acesso);
c)Observação controlada - Listar e detalhar todos os dado colhidos na observação;
d)Formular Hipóteses - Obter mais informação utilizando de fontes consolidadas e confiáveis;
e)Propor Generalizações - Expurgar conflitos de interesse;
f)Validação e Verificação - Disponibilizar todos os dados colhidos (imagens, medições, etc), lista de ferramentas utilizadas para a reprodução dos resultados;
g)Escrever e Publicar - Escrever o relatório baseado no IMRaD, contendo título, autores, resumo e citações;
h)Discussão e Validação - Discutir a tema em fóruns específicos, disponibilizar todos os dados colhidos;
i)Incorporação à malha do conhecimento - Citar devidamente as fontes e, se possível, disponibilizar o artigo na web.
3. https://sites.google.com/site/atividadedemptc
1ª
Um dos casos que mais chocou o meio científico foi o do jovem prodígio Jan Hendrik Schön, pesquisador dos laboratórios Bell, um dos mais respeitados na área de Física. Com apenas 32 anos, o pesquisador alemão era considerado uma verdadeira máquina de trabalhar e de publicar trabalhos em prestigiosas revistas internacionais, como Nature e Science. Schön trabalhava na criação de transistores de moléculas, e na indução de supercondutividade em esferas de carbono. Apesar de seus resultados serem fantásticos, os demais pesquisadores da área não conseguiam reproduzir a maioria dos resultados.
Em maio de 2002, um grupo de cientistas informou ao laboratório Bell ter descoberto que três gráficos que apareciam em trabalhos do grupo de Schön, para diferentes sistemas e efeitos, eram absolutamente idênticos. O laboratório criou um comitê para investigar as acusações, que não só foram confirmadas, mas até ampliadas. O comitê concluiu que o pesquisador tinha falsificado ou fabricado dados em pelo menos 16 trabalhos, dos 25 analisados
Fonte: http://cienciaecultura.bvs.br/scielo.php?pid=S0009-67252003000300013&script=sci_arttext
2º
Ferramenta mais conhecimento, pode ser associado a pratica de informar as ferramentas utilizadas, durante o processo de pesquisa, assim como as referências.
Observação controlada, deve ser documentada.
Escrever e publicar, de acordo com as especificações técnicas, informando detalhes, de modo a ficar evidente a reprodutibilidade da pesquisa.
3ª
https://sites.google.com/site/mptcerivaldolourenco/
1) O artigo "An Integrated Approach to the Prediction of Chemotherapeutic Response in Patients with Breast Cancer" dos autores Kelly H. Salter, Chaitanya R. Acharya, Kelli S. Walters, Richard Redman, Ariel Anguiano, Katherine S. Garman, Carey K. Anders, Sayan Mukherjee, Holly K. Dressman, William T. Barry, Kelly P. Marcom, John Olson, Joseph R. Nevins, and Anil Potti foi retratado com a utilização da re-examinação da validação de conjunto de dados usados por estudos da "Nature Medicine" que revelou a presença de erros na rotulagem de respostas clínicas no conjunto de dados. A re-análise com precisão da previsão dos dados corretamente rotulados mostrou que, em dois casos, as assinaturas relatadas não preveem a resposta das amostras de validação para quimioterapia. Se tivesse obrigado a utilização de conceitos de RR, a publicação de lista de ferramentas utilizadas e de matéria produzida, junto com a discussão do tema em fóruns de discussão, deixaria clara a apropriação indevida de conteúdo para a comunidade, impedindo assim a publicação de tal artigo.
2) Práticas de RR:
a)Natureza: Mostrar o estado atual do conhecimento, explicar e esclarecer como foi feita a observação do fenômeno;
b)Observação controlada: Listar, documentar, detalhar todos os dado colhidos na observação da pesquisa;
c)Ferramentas + Conhecimento: Listar e detalhar ferramentas utilizadas como suas versões e fontes;
d)Formular Hipóteses: Documentar e disponibilizar mais informação utilizando de fontes confiáveis;
e)Propor Generalizações: Corrigir conflitos de interesses;
f)Validação e Verificação: Documentar e disponibilizar todos os dados obtidos (imagens, medições, etc) e lista de ferramentas utilizadas para a reprodução dos resultados, modelos propostos para melhor se adequar ao que foi observado;
g)Escrever e Publicar: Escrever o relatório baseado no IMRaD, contendo título, autores, resumo e citações, cada etapa e passos;
h)Discussão e Validação: Disponibilizar em fóruns específicos para discussão o tema, disponibilizando todos os dados colhidos;
i)Incorporação à malha do conhecimento: Publicar em periódico e disponibilizar o artigo.
3)
Site RR:
https://sites.google.com/site/hsilvaazevedo/
[1]
O artigo "Severe dopaminergic neurotoxicity in primates after a common recreational dose regimen of MDMA ("ecstasy")", escrito pelo Dr. George Ricaurte, foi publicado pelo jornal "Science", e depois retratado. A razão foi que ao invés de usar MDMA, metanfetamina foi usada nos testes.
Se as práticas de RR tivessem sido utilizadas, as evidências do uso dos elementos como: dados, parâmetros do modelo, relatórios, experimentos, dentre outros para estes testes, tivessem sido mais explicitadas, evitariam o uso de materiais que pudessem trazer algum prejuízo as pessoas ou mesmo a pesquisa.
[2]
a) Natureza: Relatar e evidenciar o estado das informações atuais;
b) Ferramentas + conhecimento : Relatar e evidenciar o paradigma, com detalhes claros (por exemplo plataforma, versão, substâncias entre outros);
c) Observação controlada: Relatar os dados obtidos e se possível os dados retirados;
d) Formular hipóteses: Relatar as informações que levaram as hipóteses, sendo elas obtidas preferencialmente de fontes confiáveis;
e) Generalizações: Evidenciar as mudanças feitas, de acordo com as exigências;
f) Validação e Verificação: Relatar os dados finais, como quais foram propostos melhor e se adequaram ao que foi observado;
g) Escrever e publicar: Documentar as informações obtidas, disponibilizando-as claramente para que outras pessoas possuam utiliza-las;
h) Discussão e Validação: Disponibilizar o artigo feito de forma que possa ser julgado;
i) Incorporação à malha do conhecimento: Tornar o artigo alcançável a todos, publicando-o em um veículo qualificado.
[3] https://sites.google.com/site/felipecrispimhome/
1.Uma estória de farsa:
Aquecimento global que foi anunciado pelos alguns cientistas(David King como autor principal) ha décadas atrás no IPCC (Intergovernmental Panel on Climate Change).
Este artigo se trata de que os efeitos estufa e os buracos na camada de ozónio entraram na nossa casa por meio dos veículos de comunicação e causam danos quanto ao ambiente com a nós.E que um dia havera o apocalyse ou fim do mundo.Mas de 3 decadas ate agora,foi debatido pelos cientistas e chegaram a conclusao de que o aquecimento global e real mas pode ser causado pelo sol.
As práticas de RR poderiam ter evitado a publicação do artigo na seguinte maneira :
O relátorio da pesquisa deveria ser disponível ao publico com os comandos, instruções e qualquer artefato relevante. Para que eles(os cientistas e pesquisadores) tentarem reproduzir as etapas de pesquisas e chegarem a mesma conclusão.
O artigo esteja associado a um fórum que possua recursos de discussão entre autores e
leitores.
Auxiliar a auditoria do financiamento do PC.
Disseminar a utilização de ferramentas sem custar
2.
Natureza:Mostrar o estado atual do conhecimento
Ferramentas + conhecimento:Listar detalhadamente as ferramnetas usadas nas condicoes condicoes . as ferramentas deveriam ser sem custo.
Observação controlada: colher os dados requeridas e possibilitar os estágios anteriores da pesquisa.
Formular hipóteses:Descartar os fatores irrelevantes e analizar os fatores relevantes.
Propor generalização:Permitir que outras pessoas refaçam a pesquisa e se os resultados baterem, proponha generalização.
Validação e verificação:Disponibiliza todos os dados obtidos as ferramentas usadas e as possiveis melhorias.
Escrever e Publicar:O relatorio reproduzido, revisado,verificado, validado e tambem deve obedecer as especificacoes do IMRAD no caso titulo,autores,resumo,citacoes, etc.
Incorporacao a malha do conhecimento: Publicar num journal da ciencia ou periodico e disponibilizar o artigo para o publico.
3.https://sites.google.com/site/reproducibleresearchpage/
[1]
Em 1988, o médico francês Jacques Benveniste publicou na Nature o artigo "Human basophill degranulation triggered by very dilute antiserum against lgE". Tal artigo apresentava ao mundo a teria da memória líquida ou memória da água. Nele, relata que a água é capaz de reter propriedades de substâncias que estiveram diluídas nela mas que não se encontram mais ali. Depois de um longo processo de revisão, os árbitros insistiram em ver evidências de que o efeito poderia ser replicado em outros três laboratórios independentes, mas a Nature publicou o artigo antes disso.
A questão crucial era de como esse efeito de memória poderia ser reproduzido, questão essa que ninguém deu a devida atenção na época, inclusive os resultados exigidos pelos revisores nunca foram publicados. Outras equipes tentaram reproduzir os efeitos mas não conseguiram.
O paper nunca foi recolhido, mas o editor John Maddox, posteriormente, comentou: "A minha convicção é de que o que foi mostrado lá continua sendo um fenômeno a ser explicado".
Através da aplicação das técnicas de Reproducible Research, o autor poderia ter detalhado o ambiente utilizado e ter aberto sua pesquisa para discussão, assim talvez, sua teoria relatada no artigo poderia ou não ser validada e ser reproduzida com sucesso.
Artigo para download: http://bit.ly/152FmlM
Na Nature: http://www.nature.com/nature/journal/v333/n6176/abs/333816a0.html
________________________________________________
[2] Associação das práticas RR com as etapas do ciclo de produção do conhecimento científico:
- Ferramentas + conhecimento: Relatório de pesquisa, conjunto de dados, scripts, descrição do ambiente utilizado.
- Generalizações: Tentar reproduzir suas hipóteses anteriormente formuladas, caso não obtenha êxito, investigar.
- Verificação e validação: Reproduzir estágios anteriores da pesquisa e permitir que outros reproduzam etapas de sua pesquisa.
- Escrita e publicação: Escrever no formato IMRaD, encorajar o uso e reuso de padrões, publicar dados e códigos em formato proprietários.
- Disseminação e discussão: Uma vez que a pesquisa utilizando práticas RR deve ser associada a um repositório público na web e a um forum para discussões entre autores e leitores, facilitando a comparação de técnicas, o artigo então é disseminado e discutido.
Mediante a comprovação das práticas RR aplicadas à pesquisa, ocorre sua incorporação à malha do conhecimento.
________________________________________________
[3] Site RR: http://sites.google.com/site/anageorgiagama
1)
O artigo "For the origin of new geometry" de S.Kalimuthu foi retratado por não seguir os padrões que devem ser seguidos nas cartas e artigos da Matemática Aplicada, o resultado não é reproduzível visto que alguns de seus argumentos não fazem sentido matematicamente. Algumas práticas de RR poderiam prevenir esse evento, por exemplo demostrar preocupação na reprodução do trabalho por terceiros.
2)
Natureza-Observação: Armazenar os dados coletados, disponibilizar os meios usados para fazer a pesquisa.
Formulação de Hipóteses: Formular hipóteses que sejam visíveis com os meios e dados da etapa anterior assegurando a reprodutibilidade.
Generalização: Na generalização, optar pela solução mais clara.
Validação-Publicação: Seguir os padrões da comunidade científica associada para evitar conflitos, disponibilizar todo o material elaborado, Publicar em uma plataforma de pesquisa científica.
3)
https://sites.google.com/site/paginarr/home
Farsa:
Duas equipes diferentes de físicos retrataram seus papers da Physical Review B depois de perceber que a amostra utilizada no primeiro trabalho publicado - e que formou a base do segundo artigo - foi identifcada erroneamente.
Os autores, cujo artigo foi citado três vezes, descreveram o que aconteceu quando eles reanalisaram seus dados:
"Ambos os conjuntos de dados (fig. 1 e 2) indicam que a amostra utilizada no nosso documento contém uma grande quantidade de um polimorfo da HCP La elementar do metal, e, assim, a anomalia calor específico com Tc = 4,9 K é dominado pela La metal ao invés de por um putativo supercondutor fenantreno Ba-dopado."
Editor da revista, Sprouse Gene, disse:
"Parece que Kasahara detectou o erro após algum amostra adicional caracterização motivado por um colega, e então comunicado o erro com Ying, que forneceu a amostra."
A utilização de RR para documentar com mais detalhe os experimentos poderiam ter detectado rapidamente este engano, e evitar essas retratações.
****
Associação Ciclo-RR:
Ferramentas + Conhecimento : Detalhar publicamente as ferramentas usadas na pesquisa
Observação Controlada: Fazer relatórios das análises e testes
Propor Generalizações: Deve ser feito de acordo com a informação detalhada no relatório
Validação e Verificação: Usar RR para ter certeza que a pesquisa foi válida, ou seja, pode ser reproduizida. Para isso, publicar todos os métodos relevantes usados
1 - Estória de farsa na ciência:
Marc Hauser, biólogo da Universidade Harvard, teria falsificado dados de experimentos, afirmam antigos subordinados do pesquisador e teve seu artigo Rule learning by cotton-top tamarins retratado.
Em 20 de agosto de 2010, o reitor da Harvard's Faculty of Arts and Sciences divulgou um comunicado confirmando que uma investigação interna tinha encontrado Hauser como culpado de oito acusações de má conduta científica. Três contagens envolvendo artigos publicados e cinco estudos inéditos envolvidos. A declaração disse que Harvard estava cooperando com as investigações.
Em 2002 artigo publicado na revista científica Cognition foi retratado. Neste trabalho, Hauser e seus colaboradores concluíram que os macacos mico poderia aprender padrões simples. Em dois artigos publicados adicionais, algumas notas de campo e gravações de vídeo foram "incompletas", apesar de Hauser e seu co-autor replicados os experimentos. O Proceedings of the Royal Society publicou a replicação dos dados em falta em uma adenda a um dos papéis. Em abril de 2011 Hauser e Justin Wood (co-autor do artigo original) replicaram os resultados do estudo da Science de 2007 e publicou-os, como um adendo, na revista.
Em 19 de agosto de 2010, The Chronicle of Higher Education relatou o conteúdo das acusações feitas por um ex-assistente de Hauser. O ex-assistente de pesquisa afirmou que Hauser usava videos falsamente codificados de comportamento dos macacos. Resistiu a seus assistentes de pesquisa e a solicitações dos alunos para tê-los recodificados por outro observador e, em seguida, pressionou seus estudantes a aceitar a sua análise de dados.
Reproduzir os testes mais vezes antes de publicar, com outros observadores e cientistas.
Pesquisa ser colocada em site de Reproducible Research durante o processo, no qual poderia ter sido verificado os erros, pois outros tentariam testar, e comentar sobre as falhas.
2 - RR + Método Científico.
Observação controlada: Através do site de RR, dar a chance de mais pessoas acompanharem seus testes.
Ferramentas: Uso de fórmulas, métodos, sites, programas de código aberto, em pró da máxima reprodutibilidade de seu experimento.
discussão e validação: Expor detalhes da sua pesquisa em seu site RR, e acompanhar as discussões sobre as realizações de experimentos da sua teoria, para verificar se realmente se aplica a todos os casos.
3 - Site de RR.
https://sites.google.com/site/guriosam13/
Segue abaixo o abstract de um artigo de neurociência publicado no periódico Cerebral Cortex. Onde o mal funcionamento de uma máquina no laboratório levou a falsos resultados. Os próprios autores pediram a retratação do artigo, entretanto o mesmo foi citado por outros dois artigos.
Bastava tentar reproduzir os experimentos em outro laboratório para não obter os mesmo resultados. Entretanto, experimentos na área da medicina podem levar um longo período de tempo para ser concluídos. Boas práticas de RR como disponibilizar todos os detalhes da pesquisa e fornecer um suporte poderia evitar que tal artigo fosse publicado.
“Cortical areas differ in the size and distribution of neuronal cell bodies, density, and distribution of myelinated axons, connections, and functional properties. We find that they also differ in the diameter of long corticofugal axons, with the thickest axons originating from primary motor, somatosensory, and visual areas and the thinnest ones from prefrontal and temporal areas. Since diameter is proportional to axonal conduction velocity, it can be inferred that action potentials issued from the different areas will be relayed to their targets at different speed. Conduction delays also depend on conduction distance. By computing conduction velocity and conduction distances, we found the longest conduction delays for the primary visual and temporal areas and the shortest for the premotor, primary motor, and somatosensory areas, compatible with the available electrophysiological data. These findings seem to establish a new principle in cortical organization relevant to the pathophysiology of neurological or psychiatric illnesses as well as to the speed of information processing in cortical circuits.”
Ciclo de produção do conhecimento Científico(Empírico)
1- Natureza
2- Ferramentas + Conhecimento
3- Observação controlada: Catalogar todas as condições em que foi efetuado os experimentos e também fotos, resultados e tudo o que foi utilizado. Para reproduções futuras.
4- Formular Hipóteses: Disponibilizar as técnicas necessárias para reprodução de sua pesquisa.
5- Propor Generalizações
6- Validação e Verificação: Garantir que não está cometendo plágio.
7- Escrever e Publicar: Fazer as devidas citações bibliográficas com seus respectivos abstracts.
8- Artigo Validado: Com uma boa prática de RR o artigo corre menos risco de ser retratado pois o autor possui todas as ferramentas necessárias para que seus experimentos sejam testados e reproduzidos por qualquer um, assim o trabalho estará mais coeso.
Link: https://sites.google.com/site/limadmarlon/
1 - Hwang Woo-Suk ficou bastante conhecido depois de anunciar um avanço em pesquisas sobre clonagem, alegou ter conseguido criar, a partir de um embrião clonado, onze linhagens de células-tronco embrionárias, publicando um artigo na revista Science, no entanto investigadores descobriram que a equipe de Hwang só teria produzido duas linhas de células-tronco.
O que parecia representar um avanço na possível oferta de curas personalizadas tornou-se um escândalo quando descobriu-se que ele havia falsificado trabalhos científicos além de outros cinco cientistas que teriam envolvimento nessa fralde e no desaparecimento de milhões de dólares em doações para a pesquisa. Promotores sul-coreanos disseram que Hwang teria sido enganado por um de seus assistentes, mas contribuiu para a fraude ao inventar dados posteriormente. Dos US$ 42,2 milhões que recebeu do governo para sua pesquisa, e US$ 4,35 milhões de fundações privadas, de acordo com auditores do Estado, não conseguiram localizar US$ 2,6 milhões. Além disso, o cientista foi acusado de usar parte do dinheiro para comprar óvulos humanos de doadoras, o que viola as leis de bioética do país.
Para ter evitado a publicação do artigo deveriam ter sido empregadas as práticas do Reproducible Research, como ter um site na web associado a pesquisa, divulgando-a publicamente nas mídias, não deveria ter contribuído na manipulação dos dados, o que na repetição da experiência verificou-se que os dados estavam errados, com isso o artigo não teria sido retratado ou ainda publicado.
2 – Natureza: Fato a ser estudado.
Ferramentas + Conhecimento – Paradigma: Todos os dados (imagens, medições, etc).
Observação controlada: Relato das circunstâncias em que foram executadas as observações, que possibilitem a reprodução dos estágios da pesquisa, listando todos os dados colhidos.
Hipóteses: formulação de hipóteses relatando como elas foram formuladas, disponibilizando no site de pesquisa.
Propor generalizações: especificação do caso geral formulado a partir das hipóteses.
Validação e Verificação: Todo o código de reproduzir os resultados, todas as imagens e tabelas, código bem documentado, Todos os dados (imagens, medições, etc) para reproduzir todos os resultados, imagens e tabelas. Facilitando a reprodução da pesquisa.
Escrever e Publicar: Se as práticas de RR foram executadas, poderemos publicar o artigo de modo que ele não venha a ser retratado.
Discutir e Validar: A pesquisa é reproduzida e é incorporada a malha do conhecimento científico.
3 - https://sites.google.com/site/urbanareacharacterization/
1 - Estória da farsa
O periódico Vaccum retratou um artigo de um grupo de pesquisadores indianos chamado: “Microwave synthesis, characterization and humidity sensing properties of single crystalline Zn2SnO4 nanorods”, onde os autores, além de plagiar, manipulou uma imagem de outro artigo publicado em outro periódico. Abaixo segue os links da figura original e do plágio, respectivamente.
http://dx.doi.org/10.1166/sam.2010.1108, Figure 2A, Science of Advanced Materials, Volume 2 (2010), Pages 432-437
http://dx.doi.org/10.1016/j.msec.2011.01.002
Figure 10, Materials Science and Engineering C 31 (2011) 840–844
2 - RR para prevenir
Observação da Natureza
Documentar e disponibilizar no site de sua pesquisa como foi feita a observação do seu determinado fenômeno de estudo.
Fatos
Documentar e disponibilizar no site de sua pesquisa como foram colhidos seus dados.
Ferramentas
Documentar e disponibilizar no site de sua pesquisa como e quais ferramentas foram usadas para tratar aquele fenômeno bem como suas versões e fontes.
Observação controlada
Documentar e disponibilizar no site de sua pesquisa como seu objeto de estudo se comportou ao utilizar determinadas ferramentas.
Verificação e validação
Documentar e disponibilizar no site de sua pesquisa os dados obtidos das observações de suas hipóteses e generalizações, quais modelos propostos melhor se adequaram ao que foi observado, quais estavam errados e os dados que comprovam isto.
Escrever e publicar
Escrever relatórios, sobre o andamento de sua pesquisa a cada novo passo dado e disponibilizar no site de sua pesquisa.
3 - Site
https://sites.google.com/a/ic.ufal.br/diegomelo/
1- Estória de farsa na ciência
Artigo sobre clonagem de seres humanos:
Patient-Specific Embryonic Stem Cells Derived from Human SCNT Blastocysts
Foi desmentido o sul-coreano Hwang Woo-suk que tinha afirmado ter clonado células de seres humanos, publicação na qual eles afirmavam ter concebido, pela primeira vez na história, embriões humanos a partir da técnica da clonagem por meio de uma transferência de um núcleo celular. Até que a Universidade Nacional de Seul confirmou que houve fraude nas pesquisas apresentadas, forçando a retratação desse artigo pelas Revistas "Science" e "Nature". Esse caso teve repercussão mundial e o cientista teve vários títulos retirados como o de pesquisador líder de 2005 concebido pela revista americana "Scientific American".
A fraude poderia ter sido evitada caso tivessem sido analisados e comprovado os resultados obtidos de acordo com os dados repassados pelo sul-coreano Hwang Woo-suk. O estudo posterior feito mostrou que as células ditas clonadas eram oriundas de um processo realizado in vitro, que provinha de um gameta feminino não fecundado.
2-Associação das práticas RR ao ciclo de produção do conhecimento:
fato a ser estudado será reportado - Fato da natureza
Será descrito as ferramentas e conhecimentos necessários para a reprodução do estudo realizado - Paradigma Ferramentas + conhecimento
Deverá ser relatado em quais circunstâncias foram feitas a observação controlada, ex.: o efeito da luz solar sobre as células, a ausência do ar, entre outros - observação controlada
Sob quais aspectos as hipóteses foram formuladas - hipóteses
A partir das hipóteses, deverá ser especificada qual o caso geral a ser seguido e por quais motivos - generalização
Será mostrado quais as provas que validam o caso geral - verificação e validação
Deverá ser relatado todos os passos anteriores que forem de relevância para a reprodução da experiência, de forma a disponibilizar o conteúdo necessário em um site estável, assim como qualquer ferramenta que se faça necessária - escrever/publicar artigo
Na sociedade científica discutir e verificar se todo o processo realmente é verídico e reproduzível com as informações fornecidas pelo autor - discussão
3 - Site: https://sites.google.com/site/arthurlaercio/home
1. O "The journal Nurse Education Today" retratou o artigo “Interprofessional learning in acute care: Developing a theoretical framework” por pedido de seu editor-chefe.
O motivo da retratação foi o uso indevido de dados fornecidos por um dos grupos envolvidos com a pesquisa.
O uso do RR poderia solucionar esse problema pois a citação de todos os autores é obrigatória.
fonte: http://retractionwatch.wordpress.com/2013/05/20/not-your-data-nursing-paper-retracted-for-misuse-of-findings/
2. Etapas da do ciclo de produção do conhecimento associadas às práticas de RR:
- Ferramentas + conhecimento: Deve-se listar detalhadamente todas as ferramentas usadas na metodologia da pesquisa e se possível, fazer uso de ferramentas de fácil acesso.
- Observação controlada, validação e verificação: Documentar toda a metodologia e todos os resultados de uma forma clara para que possa ser reproduzida por outros pesquisadores.
- Escrever e publicar: Disponibilizar o artigo em seu site RR
- Discussão e Validação: Essa etapa acontecerá mais facilmente caso as etapas anteriores sejam realizadas corretamente, pois com uma documentação precisa da metodologia e o rápido acesso ao artigo em questão, a validação por outros pesquisadores acontecerá sem problemas.
3. Site utilizando as práticas de RR:
https://sites.google.com/site/mptcnatalia/
O Journal Leukemia & Lymphoma retratou um artigo do ano 2004 feito por um grupo de
autores no México depois de concluir que o artigo nunca deveria ter sido aceito.
O artigo "Adjuvant radiotherapy in stage IV diffuse large cell lymphoma improoves
outcome"(Avilés A, Fernándezb R, Pérez F, Nambo MJ, Neri N, Talavera A,
Castañeda C, González M, Cleto S.) enuncia:
The role of adjuvant radiotherapy to sites of nodal bulky disease in
patients with aggressive diffuse large cell lymphoma (DLCL), and stage IV remain
undefined. We began a prospective controlled clinical trial to evaluate impact in
event free survival (EFS) and overall survival (OS) in a large cohort of patients
with a longer follow-up. Between 1989 and 1995; 341 patients with aggressive DLCL
and presence of nodal bulky disease (tumor mass > 10 cm) in pathological proven
complete response after intensive chemotherapy were randomized to received either
radiotherapy (involved fields, 40 Gy) or not. The 5-year EFS and OS in radiated
patients were respectively: 82% (95% Confidence interval (CI): 70-89%) and 87%
(95% 80-99%), that were statistically significant to control group: 55% (41-64%)
(P < 0.001) and 66% (95% CI: 51-73%) (P < 0.01) respectively. Radiotherapy was
well tolerated, acute toxicity was mild and until now late toxicity did not appear.
The use of adjuvant radiotherapy improve EFS and OS and probably the possibility of
cure in patients diffuse large cell lymphoma with worse prognostic factors. Thus, we
felt that adjuvant radiotherapy will be considered as part of the initial treatment
in this setting of patients.
Em 2012, preocupações sobre a acurácia em algumas partes do artigo publicado oito
anos antes foi levantadas pelos editores. Depois de um investigação e uma revisão
revisão, os editores contactaram o autor procurando alguns esclarecimentos.
A decisão, em parte, foi em função da falta de clareza e de potencial interpretação
de definições de uma Resposta Completa no estudo e em como isso pode ter influenciado
a inclusão ou exclusão de pacientes. Também houveram questões relacionadas a análises
estatísticas e interpretação de resultados. Além disso outras outras ambiguidades e
inconsistências deixaram em dúvida a acurácia e a robustez das conclusões.
Infelizmente, com a extensa lista de mudanças a serem feitas para resolver as questões
não se pode ser feita uma simples correção, seria necessário a submissão de um novo
manuscrito. É importante notar que estas indagações não estabelecem nenhuma evidência
de má conduta científica deliberada pelos autores.
Para evitar que casos como esse ocorram devemos usar os passos de RR sempre que formos
escrever um artigo. Nesse caso especificamente os autores poderiam ter seguido o passo
de RR o qual explicita que todo o "código" para reproduzir todos os
resultados, imagens e gráficos deve ser disponibilizado e explicado como executá-lo.
Outro passo, que vai mais de encontro com o problema é que todos os dados(imagens,
medidas, dentre outros) para reproduzir os resultados estejam bem coesos e bem
explicado para que possa ser reproduzido, e se possível explicando o que os dados
representam. E também o passo que mostra as "configurações" em que foi feito
o experimento.
Associando as práticas de RR com o ciclo de produção do conhecimento científico:
Ao se iniciar com a produção de conhecimentos no ciclo em RR é priorizada a reprodução
do conhecimento e ao se passar para o registro seguimos as técnicas de RR para que a
partir deste registro(papper) o experimento possa ser refeito. A organização do
conhecimento registrado deve seguir alguns passos que auxiliam na reprodução, como:
Todos os dados e medidas registrados e/ou recebidos devem ser escritos no artigo,
assim como o ambiente e o modo em que foi reproduzido o conhecimento, e-mail para que
outros pesquisadores possam contactar os autores para mais detalhes do experimento e
seus resultados.
Link para o site: https://sites.google.com/site/mtpcricardoafolopes/home
1. Estória de farsa na ciência
O blog Americano Science Fraud (agora desativado) publicou em novembro do ano passado alguns trabalhos de Rui Curi, diretor do Instituto de Ciências Biomédicas (ICB) da Universidade de São Paulo, que teriam sidos fraudados para influenciar nos resultados. Desde a publicação, cerca de dois trabalhos dele foram retratados e três corrigidos. O artigo "Non-esterified fatty acids and human lymphocyte death: a mechanism that involves calcium release and oxidative stress" de Rui Curi e seus colaboradores, publicado na revista Journal of Endocrinology em 1 de outubro de 2007, foi corrigido e depois retratado em 28 de dezembro de 2012 por conter imagens de proteínas em gel supostamente adulteradas (embora os autores afirmassem que não houve fraude e sim erros na montagem das mesmas) que eram a base experimental das conclusões do trabalho.
Como as práticas de RR poderia ter evitado a publicação do artigo?
As práticas de Reproducible Research (RR) preconizam que toda pesquisa científica, para ser aceita em veículos de impacto deve estar associada a uma página web pública, sendo disponibilizados todos os dados, procedimentos e materiais para que a pesquisa possa ser reproduzida por outros pesquisadores autônomos, e assim, validar os resultados obtidos. Deste modo, pode ser descoberto alguma falha na pesquisa antes do artigo ser publicado. Por isso as práticas de RR são tão importantes, pois torna a pesquisa científica acessível e reproduzível, e erros podem ser encontrados antes do artigo ser publicado, evitando assim, a retratação do artigo. Se o artigo supracitado estivesse utilizado à prática de RR ele não teria sido publicado, pois o erro nas imagens iria ter sido constatado por outros pesquisadores que não obtiveram o mesmo resultado.
2. Associe as práticas de RR com as etapas do ciclo de produção do conhecimento científico
As etapas do ciclo de produção do conhecimento científico são: produção e divulgação. Na primeira é feita a elaboração do problema a ser investigado, a seleção de uma metodologia para a investigação, a condução da própria investigação e a análise e interpretação dos resultados obtidos. Na segunda parte o trabalho é divulgado para os demais pesquisadores reproduzir a pesquisa e verificar se obtém o mesmo resultado, constatando a veracidade da pesquisa.
As práticas de RR poderiam ser utilizadas nessas etapas da seguinte maneira:
A medida que os experimentos fossem sendo realizados, eles poderiam ser colocados em acesso ao público para verificar se o autor até aquele momento de desenvolvimento da pesquisa não cometeu nenhum equívoco. Sendo assim, o artigo quando fosse publicado em um periódico especializado não correria o risco de conter erros e ser retratado.
3. Poste o link para a página RR do seu projeto de pesquisa.
Link: https://sites.google.com/site/ruthmariiaa/
1) Estória de farsa na Ciência:
O jornal The Aging Male retratou um artigo de 2013 por um grupo de pesquisadores chineses que teriam publicado o mesmo trabalho - mais ou menos - com um título chinês.
O artigo foi encontrado a reproduzir conteúdo de um alto grau de similaridade, sem atribuição ou reconhecimento apropriado pelos autores, a partir do artigo original.
A maioria do texto no manuscrito publicado no The Aging Male é quase palavra por palavra idêntico ao texto publicado no Jornal de Medicina Chinesa, e os dados apresentados em todas as quatro tabelas também são essencialmente os mesmos. Os autores cooperaram totalmente com as investigações e concordaram em corrigir a redundância no registro literário.
A política do jornal a esse respeito é clara: The Aging Male considera todos os manuscritos sobre a estrita condição de que eles tenham sido apresentados apenas para o jornal The Aging Male, que eles já não tenham sido publicados, e que não estejam sob consideração para publicação na imprensa ou em outro lugar.
The Aging Male publicou este artigo na boa-fé, e com base em declarações feitas pelo autor correspondente em relação à originalidade do trabalho. O artigo é retirado de todas as edições impressas e eletrônicas.
Fonte: http://retractionwatch.wordpress.com/2013/05/21/dont-feel-so-bad-the-aging-male-it-happens-to-most-journals/
O problema apresentado poderia ter sido facilmente evitado com as práticas de RR, pois, com elas, teria sido feita uma referência ao artigo original, dando o reconhecimento apropriado aos autores.
2) Práticas de RR associadas com as etapas do ciclo de produção do conhecimento científico:
* Detalhar as ferramentas utilizadas (de fácil acesso, se possível): Ferramentas + Conhecimento
* Documentar a metodologia e detalhar os dados obtidos com a observação: Observação Controlada
* Formular hipóteses com base em informações de fontes confiáveis: Formulação de Hipóteses
* Documentar, validar e verificar os dados obtidos a reproduzirem todos os resultados: Validação e Verificação
* Escrever relatórios, informando o andamento da pesquisa: Escrita e Publicação
* Disponibilizar o artigo para ser discutido: Discussão e Validação
* Publicar o artigo: Incorporação à Malha do Conhecimento
3) Link para a página RR do meu projeto de pesquisa: https://sites.google.com/site/mptcjuliana/
1)FARSA:
Dupla submissão leva à retratação do paper de probabilidade.
Dois autores da Coreia do Sul obtveram uma proibição de 5 anos da revista Journal of Theoretical Probability por publicarem um duplo paper na literatura matemática. O artigo “Convergence of Weighted Sums for Arrays of Negatively Dependent Random Variables and Its Applications”, foi escrito por Baek Jong-Il e Sung-Tae Park da University Wonkwang em Iksan.
O editor-chefe do Jornal da probabilidade teórica descobriu que uma duplicata de "Convergência de somas ponderadas para matrizes de variáveis aleatórias negativamente dependentes e suas aplicações", de Jong-Il e Baek Sung-Tae Park, Jornal de probabilidade teórica, Volume 23, Issue 2, páginas 362-377, foi apresentada simultaneamente em 31 de maio de 2008, para tanto esta publicação, Journal of Planning Estatística e Inferência e foi publicado, com o consentimento explícito dos autores, no Journal of Planning Estatística e Inferência muitos meses depois que foi publicado neste jornal. Uma das condições de apresentação de um artigo para publicação é que os autores declaram explicitamente que o papel não esteja sob consideração para publicação em outro lugar. Este artigo, portanto, representa um abuso grave do sistema de publicação científica.
Por esta razão, o editor-chefe do Jornal da probabilidade teórica, de acordo com a editora, ora se retrai este artigo.
Como sanção, Journal of probabilidade teórica não permitirá que os autores do artigo para participar da revista de forma alguma até 1 de Janeiro de 2018.
O aviso é assinado por James Allen Fill, editor-chefe da revista, eo papel foi citado três vezes, de acordo com a Thomson Scientific Web of Knowledge. O Jornal de Planejamento Estatística e Inferência versão ainda não foi citada.
As práticas de RR que poderiam ter evitado à publicação à pesquisa estar em um repositório com acesso pulblicado na web e esteja associada a um forúm ou algo similar que possua recursos de discussão entre autores e leitores, e garantir acesso irrestrito a todas alterações e dados, para que pudessem descobrir essa dupla pulblicação.
2)As práticas de RR estão totalmente ligadas com o ciclo de produção científica, pois a primeira prática de RR é que esteja associada a um repositório com acesso púlblico na web, essa prática está ligada à parte do ciclo sobre escrever e pulbiclar; a segunda prática é ser disponilizados um relatório com todos os dados e recursos usados na pesquisa que está ligado observações controladas, e contribuem para à verificação e validação; a terceira prática é estar associada a um forum de discussões que está ligada â disseminação e discussão do conhecimento cientifíco; a quarta é ter o formato IMrRaD que está ligado à escrever e pulblicar também.
3)https://sites.google.com/site/joanathanwillian/
Arthur Monteiro Alves Melo
1)
Pesquisadora do Instituto de Microbiologia da Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), a professora Angela Hampshire Lopes encaminhou à Pró-Reitoria de Pesquisa da USP uma denúncia de plágio contra um grupo de pesquisadores do qual faz parte a professora Suely Vilela. A reitora da USP é co-autora de um artigo científico que reproduz, sem citar a fonte, material originalmente publicado, cinco anos antes, por um grupo de pesquisa liderado pela professora Angela Lopes. Uma sindicância foi aberta para apurar o caso.
O artigo contestado, que foi publicado em 2008 na revista Biochemical Pharmacology (edição 76), reproduz três imagens colhidas em microscópio eletrônico idênticas às que constam de um outro artigo, publicado em 2003 na revista Antimicrobial Agents and Chemotherapy (v. 47, nº 6), por Angela Lopes e seu grupo. Além disso, algumas passagens do artigo de 2008 são quase integralmente copiadas do artigo de 2003. Não há qualquer referência ao trabalho anterior e aos seus autores.
Como a reprodução dos resultados é um fator primordial na ciência. Quando ela é bem aceita uma pesquisa tem boa credibilidade e o paper é “blindado” de plágios pois sua reputação entre a comunidade cientifica será grande devido ao número de reproduções que evitara o uso de suas imagens, trechos, entre outros sem a devida citação.
2) ->Natureza: A natureza será primordial no RR como em qualquer método cientifico.
->Paradigmas: Para haver uma reprodução dos resultados são preciso ferramentas e um grande conhecimento empírico, sem isso não aconteceram resultados semelhantes ou satisfatórios.
->Observação Controlada: Observação controlada para a reprodução dos resultados são importantíssimas pois é necessário que os resultados sejam válidos do jeito que foram descritos, para que sua repetição sejam semelhante para qualquer pessoa que aderir-la.
->Formula Hipóteses: Nesse caso é mais uma forma de expandir o campo com a RR, pois novas serventias do conhecimento dado podem ser achados por outros pesquisadores e assim aumentar o campo de pesquisa com a RR.
->Generalização: Caso o campo tenha sido expandido é preciso novamente generalizar se é válido para outras camadas.
->Validação e verificação: RR do novo campo achado.
-> Escrever e publicar: Como todo estudo cientifico é apenas conhecido/válido quando é publicado, de preferencia em um periódico de respeito.
3) Link para a página RR https://sites.google.com/site/arthurmamelo/
1. Atividade 1: a Estória a seguir relata sobre um artigo que foi retratado por os dados terem sido apresentados de forma errônea, e consequentemente, a hipótese levantada não tinha fundamento, ou seja, desde a coleta dos dados, até o final do artigo, toda a pesquisa esteve seriamente comprometida. O que pude notar ao ler a notícia, é que ao coletar os dados e observá-los, não se explicitou como foi feita a análise dos mesmos, o que analisaram, e em que tipo de organismo se observou aquilo. Trazendo para a construção do conhecimento científico e escrita do artigo, essas observações a ser feitas teriam que estar presentes na seção metodologia. Com as práticas do RR, isso seria evitado, e nem mesmo o artigo teria sido publicado.
Autism genetics papers retracted after fraud inquiry at NY research agency
Here’s what the retraction notice has to say:
The retraction is on the basis of significant errors with presentation of some of the data reported in these papers. Concerns about the published data came to light following careful scrutiny of the protein blots and corresponding data quantification for certain experiments. Further investigation revealed that in the article entitled ‘Up-regulation of Ras/Raf/ERK1/2 signaling and ERK5 in the brain of autistic subjects,’ for certain blots depicting actin bands, used to compare blots depicting p-C-Raf and C-Raf, images were truncated and therefore did not show all of the samples that were run. Other blots depicting actin bands, used to compare blots depicting Erk1/2 and Erk5, were inserted into the figure upside down. In other cases, there were discrepancies between the number of Erk1/2 samples shown in a blot and the number of samples that were quantified. In the article entitled ‘Association of up-regulated Ras/Raf/ERK1/2 signaling with autism,’ a blot depicting actin bands purportedly from mouse tissues samples was the same representation of an actin band from human samples presented in the article entitled ‘Up-regulation of Ras/Raf/ERK1/2 signaling and ERK5 in the brain of autistic subjects.'
2. Atividade 2
*Ferramentas + conhecimento/ Observações controladas: documentar e disponibilizar no sítio web RR da sua pesquisa, qual ou quais ferramentas foram usadas para registrar os fenômenos, como foram registrados os fenômenos, e quais suas referências de conhecimento acerca desses fenômenos. Registrar e disponibilizar também como seu objeto de estudo (fenômenos) se comportou ao utilizar determinadas ferramentas, e ao eliminar fatores adversos.
*Formulação de Hipóteses: disponibilizar no site web de sua pesquisa os motivos que levaram lhe a formular a(s) hipótese(s), explicando o porquê de descartar alguns fatores irrelevantes, baseado em conhecimento incorporado à malha de conhecimento.
*Propor Generalizações: disponibilizar no site de sua pesquisa em que referências, que já se encontram incorporadas à malha do conhecimento, sua generalização se sustenta.
*Verificação e validação: explicitar quais modelos propostos melhor se adequaram ao que foi observado, quais estavam errados e os dados que sustentam sua(s) hipótese(s).
*Escrita e publicação: seguindo o modelo IMRaD, publicar em um periódico de qualidade e aceite de nível internacional, e disponibilizar na sua página RR.
*Discussão e Validação: disponibilizar no site do projeto ou em outros locais como fóruns, um local para que as pessoas possam deixar comentários e observações sobre sua pesquisa que possam contribuir para a evolução do seu trabalho, e seu e-mail para contato.
3. Atividade 3 Meu site: https://sites.google.com/site/evljreproducibleresearch/
1.Em 2004 o cientista Sul Coreano Woo-suk Hwang alavancou sua popularidade depois de anunciar que seu grupo de pesquisa havia produzido os primeiros embriões humanos clonados. E seguidamente disse ter conseguido também extrair as células-tronco embrionárias. Apesar da controversia ligada ao assunto, Hwang teve sua fama mundial elevada em pouco tempo e o seu laboratório começou a ter forte investimento do governo da Coréia do Sul e de colaborações internacionais.
Sua alegria durou pouco pois em 2005 ele foi acusado de coagir as mulheres e sua equipe a doar óvulos. Mas a maior descoberta foi que seus resultados eram todos fraudados. O episódio não marcou só a derrota do pesquisador, mas sobre tudo a fragilidade dos métodos usados pelos periódicos para lidar com fraudes. Antes da revelada farsa, os estudos de Hwang haviam sido aclamados pelo principal periódico científico americano, o Science, como espetaculares revoluções científicas.
Para evitar todo este escândalo, a pratica de RR séria bem eficiente para evitar a fraude, só pelo caso de ele expor todas as suas ferramentas e métodos para conseguir um resultado esperado, seria o suficiente para desmascaras a fraude.
2.A pratica do RR pode ser feita inicialmente pela fase da observação controlada até a parte de verificação e validação, guardando sempre as ferramentas usadas para conseguir o resultado final que foi conseguido na pesquisa, deste modo o artigo poderá ser reproduzido.
3.Link: https://sites.google.com/site/italowco
1) O HOMEM DE PILTDOWN
Em 18 de dezembro de 1912, os arqueólogos Charles Dawson e Arthur Smith apresentaram a
comunidade cientifica um fossil de um cranio com mandibula que, supostamente, seria de uma
espécie ancestral do homem. Meio homem e meio primata. O fossil teria sido encontrado em uma
mina de cascalhos em Piltdown (uma vila do condado ingles de Sussex), daí o nome homem de Piltdown.
Anos mais tarde, em 1953, cientistas do museu e da universidade de Oxford descobriram que o homem
de Piltdown era uma fraude, na verdade o cranio era de um homem e a mandibula era de um primata.
Fonte: Wikipedia/As Grandes Fraudes da Ciencia-Guia do Estudante Abril/
Reportagem de Maria Fernanda Ziegler-IG São Paulo
Reproducible research: Nesse caso, devido a dificuldade de se reproduzir estudos arqueológicos, talvez
as praticas de reproducible research não fossem tão eficazes na descoberta da fraude, como pode ser em
outras áreas do conhecimento. Mas de toda forma, um maior detalhamento dos dados do estudo forneceriam
mais indicios de fraude.
2)ASSOCIAÇÃO REPRODUCIBLE RESEARCH-CICLO DE REPRODUÇÃO DO CONHECIMENTO CIENTIFICO
As praticas de reproducible research se encaixam particularmente em quatro etapas do ciclo de produção
do conhecimento cientifico. Na questão do paradigma utilizado, na verificação e validação, na escrita e publicação
e na disseminação e discussão. Atravez de um bom detalhamento das ferramentas e dos dados utilizados, o paradigma
fica bem destacado; as informações claras de como chegar na conclusão do estudo, facilitam a reprodução do mesmo
para quem estiver trabalhando com o paper; as normas de escrita e a disposição dos dados, ajudam o cientista na hora
de escrever o paper; e atravez da paginaweb da pesquisa, o trabalho de disseminação e discurssão é facilitado.
3)Link do Trabalho https://sites.google.com/site/rrtrabalhodepesquisa/
1 - O artigo “Prediction of Posttranslational Modification Sites from Sequences with Kernel Methods”, escrito por Xiaobo Wang, Yongcui Wang, Yingjie Tian, Xiaojian Shao, Ling-Yun Wu, e Naiyang Deng, e publicado no Journal of Computational Chemistry em 21 de abril de 2010, foi retratado em um acordo entre os autores e os editores do periódico.
A retratação foi devido a um erro de cálculo que levou os autores a exagerar o nível de desempenho do seu modelo computacional.
As práticas de RR poderiam ter ajudado os autores, pois se tudo estivesse bem documentado e publicado, o problema provavelmente seria notado pelos integrantes da equipe e/ou pela comunidade científica.
2 – Relações entre as práticas de RR e as etapas do ciclo de produção do conhecimento científico:
Observação da Natureza e dos fatos:
Disponibilizar informações a respeito do método utilizado para as observações.
Ferramentas:
Disponibilizar informações a respeito das ferramentas utilizadas para tratamento dos fatos apresentados.
Observação controlada:
Disponibilizar informações a respeito das evidências geradas ao aplicar as ferramentas.
Formulação de hipóteses:
Disponibilizar as hipóteses levantadas baseadas nas observações e no conhecimento científico já existente.
Verificação e validação:
Disponibilizar informações a respeito dos resultados obtidos através das observações das hipóteses.
Escrever e publicar:
Documentar e disponibilizar os passos mais importantes durante o desenvolvimento da pesquisa.
Incorporar a malha de conhecimento:
Expor o artigo à comunidade científica através da publicação em algum periódico.
3 – https://sites.google.com/site/jhonatanmickael/
1 - Em julho de 2006, Kim Tae-Kook publicou o artigo Small molecule–based reversible reprogramming of cellular lifespan, que após algum tempo não pode ser reproduzido pelo seus colegas de universidade.
3 - https://sites.google.com/site/tarcisoferreirasf/home
1º
Os pesquisadores, da Universidade Singidunum, em Belgrado, tiveram O artigo: “Challenges of information and communication technology in energy efficient smart homes” retratado a pedido Editor-Chefe.
“The article duplicates significant paragraphs of various internet sources as well as copied paragraphs from published papers. Re-use of any data should be appropriately cited. As such this article represents a severe abuse of the scientific publishing system. The scientific community takes a very strong view on this matter and apologies are offered to readers of the journal that this was not detected during the submission process.”
O artigo possui significativos parágrafos duplicados de diversas fontes da internet, bem como parágrafos copiados de trabalhos publicados.
As práticas do RR nesses casos ajudam na análise das fontes de pesquisa utilizadas pelos autores dos artigos, dificultando a prática de plágio ou copia de trabalhos.
2º
As páginas RR contribuem nas etapas do conhecimento desde a escolha da área do conhecimento que será estudada, pois é possível verificar as atuais pesquisas, também na coleta de dados, para que os autores analisem bem as informações evitando duplicações, fazendo as devidas citações. E a cada modificação dar a oportunidade para os leitores proporem genaralizações.
3º
jonathassilvametodologia
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